Perpustakaan Digital ITB

Masalah utama dalam ekstraksi RNA total yang terkandung di dalam diatom adalah ketidakstabilan RNA karena strukturnya yang berupa untai tunggal, adanya gugus hidroksil reaktif pada atom karbon 2' ribosa, paparan RNase selama proses ekstraksi atau analisis, dan pengotor berupa karbohidrat, protein serta lipid sel yang mungkin turut terekstraksi. Padahal informasi genetik yang tersimpan dalam RNA atau transkriptom dapat menjadi dasar untuk mempelajari metabolisme, seperti metabolisme pigmen-pigmen fotosintesis dari diatom pada kondisi pertumbuhan pada kondisi pertumbuhan dengan intensitas cahaya rendah dan tinggi. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh metode optimum isolasi RNA total dari diatom galur lokal yang dapat memberi isolat RNA dengan kualitas baik yang layak untuk analisis transkriptomik. Tahapan penelitian meliputi penapisan sel tunggal sampel diatom hingga diperoleh kultur murni, pembuatan kurva pertumbuhan, isolasi DNA genom, identifikasi sampel berdasarkan morfologi sel dan homologi gen 18S rRNA-V4, kemudian isolasi dan optimasi metode isolasi RNA total dari sampel diatom. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sampel diatom galur lokal NLA memiliki bentuk sel mirip dengan papan selancar (oval) dengan kisaran panjang 10–20 µm. Biomassa Navicula sp. galur NLA dipanen pada fasa eksponensial dengan kerapatan sel rata-rata meningkat sekitar 39 kali dari kerapatan sel awal kultivasi 100.000 sel/mL menjadi 3,94 juta sel/mL. Analisis elektroforesis isolat DNA genom menunjukkan pita DNA berukuran lebih besar dari 10.000 pb. Analisis 476-pb urutan nukleotida gen 18S rRNA-V4 mengkonfirmasi kemiripan sampel diatom dengan Navicula salinicola, sehingga sampel dinamai Navicula salinicola NLA. Metode isolasi RNA total Navicula salinicola NLA yang memberikan hasil paling optimal adalah metode modifikasi dari TrizolTM (ThermoFisher Scientific). Isolat memiliki jumlah RNA yang tinggi (64,805 µg) dan dengan nilai rasio A260/230 serta A260/280 lebih dari 2,0. Hasil ini memenuhi kriteria dan kualitas yang baik, yaitu tingkat kemurnian yang tinggi dan pita-pita khas RNA yang lengkap teramati secara elektroforesis, dan layak untuk analisis transkriptomik.