Topoisomerase telah menjadi fokus dalam pengobatan beberapa jenis penyakit,
mulai dari infeksi bakteri, yakni bacterial gyrase (TOPO II) dan TOPO IV,
hingga kemoterapi kanker, yakni TOPO I dan TOPO II. Telah dilakukan kajian
hubungan kuantitatif struktur aktivitas turunan tetracyclic indenoquinoline
sebagai antikanker pada tiga jenis sel, yakni sel HeLa, sel A-549, dan sel MCF-7.
Pemodelan molekul dilakukan dengan Hyperchem 8,02 sedangkan kalkulasi
deskriptor digunakan Molecule Operating Environment (MOE). Analisis statistik
menggunakan SPSS 17.0 dengan parameter r, r
2
, SE, dan nilai F. Validasi
persamaan menggunakan Leave-One-Out Cross Validation dengan parameter q
2
.
Penelusuran farmakofor seri senyawa menggunakan software MOE. Analisis
interaksi ligan terhadap reseptor dilakukan dengan men-docking-kan senyawa
turunan terhadap topoisomerase I. Selanjutnya desain senyawa turunan baru dan
prediksi aktivitasnya menggunakan hasil analisis HKSA beserta kajian interaksi
menggunakan software MOE. Hasil penelitian menunjukkan sifat fisikokimia
yang berhubungan dengan inhibisi perkembangan sel HeLa adalah globularitas,
energi total, panas pembentukan, ELUMO dan energi elektronik. Untuk sel A-549,
sifat fisikokimia yang berperan penting adalah koefisien partisi (Log P),
globularitas, energi elektronik, ELUMO, dan energi total (Etot). Sedang untuk sel
MCF-7, sifat fisikokimia yang berhubungan dengan aktivitas adalah Volume,
Energi LUMO, area permukaan hidrofobik, Energi HOMO dan refraktivitas
molekul (MR). Farmakofor seri senyawa tetracyclic indenoquinolin ditunjukkan
oleh gugus aromatis dan satu akseptor elektron. Kajian interaksi menunjukkan
bahwa ikatan hidrogen berperan penting dalam peningkatan aktivitas senyawa.
Desain senyawa turunan baru menghasilkan 10 senyawa yang memiliki aktivitas
yang lebih baik dibanding senyawa analog kamptotesin maupun senyawa uji yang
digunakan.