Perpustakaan Digital ITB

Nannochloropsis adalah genus mikroalga uniseluler yang dibagi menjadi 7 spesies, salah satunya adalah mikroalga laut Nannochloropsis oceanica. Banyak penelitian telah dilakukan pada mikroalga !aut Nannochloropsis di mana salah satunya yang berpotensi adalah Nannochloropsis oceanica karena pertumbuhannya yang cepat, dapat ditumbuhkan di laboratorium dan kandungan triasillgliserol (TAG) yang tinggi. Secara morfologi, sel Nannochloropsis oceanica teramati berbentuk bulat, berwarna hijau, berdenyut-denyut, dengan ukuran 2-5 )liD. Transkriptomik merupakan ilmu yang mempelajari transkriptom. Untuk analisis transkriptomik diperlukan ekstrak RNA total dengan kualitas yang baik yaitu konsentrasi yang cukup, minimal 133,33 ng/JlL dengan volume total 30 JlL atau setara dengan jumlah ekstrak RNA minimal 4.000 ng, adanya pita RNA besar dalam keadaan utuh (tidak terdegradasi), serta kemumian tinggi yang ditunjukkan dengan nilai rasio A26on80 dan A26onJO masing-masing minimal 1,8. Saat ini, metode isolasi RNA yang standar atau khusus untuk Nannochloropsis oceanica galur lokal Indonesia belum tersedia. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan optimasi metode isolasi RNA dari mikrolaga khususnya dari Nannochloropsis oceanica galur lokal Indonesia (galur GSI) pada dua fase pertumbuhannya yaitu pertengahan eksponensial dan akhir stasioner. Optimasi ini menargetkan diperolehnya ekstrak RNA total dengan konsentrasi dan kemurnian tinggi serta pita RNA besar dalam keadaan utuh sehingga layak untuk digunakan pada aplikasi transkriptomik. Metode isolasi yang dioptimasi adalah protokol TRlsure™ dari Bioline, di mana dilakukan modifikasi dengan hasil: (i) penggunaan pelet sel mikroalga maksimal 0,7 gram untuk meningkatkan konsentrasi ekstrak RNA, (ii) pembuangan lapisan putih kecokelatan yang menutupi pelet sel alga (setelah sentrifugasi) untuk menaikkan nilai rasio A26on80, (iii) penambahan beta-merkaptoetanol bersamaan dengan TRlsure™ atau GENEzol™ untuk menghasilkan pita RNA besar dengan ukuran I 000 pb dan 1500 pb, (iv) pencucian etanol sebanyak empat kali pada pelet RNA untuk menaikkan rasio A260rno. Hasil yang diperoleh menunjukkan ekstrak RNA Iayak untuk digunakan dalam aplikasi transkriptomik, yaitu konsentrasi RNA total 241,4- 807,1 ngiJ.lL di dalam volwne 30 Gumlah ekstrak RNA total 7.242-24.213 ng), nilai rasio A260128o 1,81- 1,98, nilai rasio A26omo 1 ,84-2,24, dan fragmen RNA besar ukuran 1000 pb dan 1500 pb dalam keadaan utuh (tidak terdegradasi).