Perpustakaan Digital ITB

Pepper Yellow Leaf Curl Virus (PYLCV) merupakan Begomovirus yang menyerang tanaman cabai dengan diperantarai oleh Bemisia tabaci. Kerusakan tanaman cabai yang ditimbulkan oleh satu ekor Bemisia tabaci dewasa viruliferus pada lahan cabai dapat mencapai 30-50%. Efektivitas penularan PYLCV dipengaruhi oleh gen AV1 yang merupakan gen pengkode coat protein dan berperan dalam enkapsidasi ssDNA virus, transmisi ke dalam tanaman, dan spesifisitas vektor. Identifikasi variasi gen AV1 PYLCV dari satu ekor Bemisia tabaci dapat memberikan informasi tentang tingkat kesulitan dalam manajemen lahan budidaya cabai. Semakin tinggi variasi gen AV1 PYLCV di lahan budidaya cabai, semakin sulit pengendaliannya. Tujuan penelitian ini adalah mengindentifikasi variasi gen AV1 yang diambil dari tubuh Bemisia tabaci di lahan sentra budidaya cabai, dengan membuat primer universal AV1 PYLCV (Primer AYC), dan analisis filogenetik gen AV1. Metode yang dilakukan meliputi perancangan primer universal berdasarkan 90 gen AV1 PYLCV yang diambil dari beberapa negara di Asia (NCBI), pengambilan sampel Bemisia tabaci di 9 kecamatan sentra budidaya cabai di Jawa Barat, isolasi DNA virus yang diambil dari satu ekor Bemisia tabaci secara acak dari setiap kecamatan, PCR gen AV1 dengan primer AYC (hasil rancangan), purifikasi dan ligasi gen AV1 ke pGEM-T Easy, transformasi hasil ligasi ke E.coli DH5?, seleksi biru putih dan pencuplikan koloni putih untuk PCR koloni dengan M13, isolasi plasmid dengan alkaline lysis, konfirmasi hasil isolasi plasmid dengan PCR menggunakan primer M13, sequencing, pengolahan data sekuensing, dan analisis filogenetik pada nukleotida dan asam amino gen AV1 PYLCV dengan algoritma Neighbor Joining dan bootstrap 1000x. Hasil pembuatan primer universal AV1 PYLCV yaitu sekuens primer AYC forward: GGMCCDTGTAAGGTCCARTCYTT-3’, dan sekuens primer AYC reverse: 5’- GCRTGVGTACAYGCCATRTACA-3’. Primer AYC tersebut dapat digunakan untuk mengamplifikasi gen AV1 PYLCV. Selain itu, analisis filogenetik menunjukkan adanya satu kelompok besar gen AV1 PYLCV di Jawa Barat yang terdiri dari 2 subgroup, dan satu outgroup. Subgroup I (monokultur cabai), terdiri atas kecamatan Cigalontang, Kadipaten, Arjasari, dan Pasir Wangi, sedangkan subgroup II (polikultur cabai-tomat), terdiri atas kecamatan Ciwidey, Cikajang, Cigedug, dan Sukaraja. Meskipun kecamatan Campaka Mulya memiliki gen AV1 paling berbeda dan menjadi outgroup dalam pohon filogenetik gen AV1 namun daerah dengan variasi gen AV1 paling tinggi adalah Pasir Wangi. Kesimpulan yang diperoleh yaitu primer AYC dapat digunakan untuk mengetahui variasi gen AV1 PYLCV, serta pola tanam di lahan budidaya cabai cukup berpengaruh terhadap variasi gen AV1 PYLCV. Kesimpulan umum yaitu lahan monokultur cabai dan polikultur cabai-tomat di Jawa Barat memiliki variasi gen AV1 yang cukup berbeda meskipun tidak signifikan karena masih terdapat dalam satu kelompok besar. Informasi ini akan berguna untuk menentukan teknik pengendalian PYLCV di Jawa Barat.