Penelitian ini bertujuan untuk menentukan pola distribusi strain Pepper Yellow Leaf Curl Virus (PYLCV) berdasarkan gen AV1 pada tanaman cabai di Jawa Barat. Metode penelitian meliputi pengambilan sampel Bemisia tabaci di sentra budidaya cabai Jawa Barat (Tasikmalaya, Garut, Bandung, Sukabumi, Cianjur) dari November 2017 hingga Maret 2018. Tahapan selanjutnya adalah pembuatan primer universal AV1, isolasi DNA genom Bemisia tabaci, elektroforesis, amplifikasi gen target AV1 dengan PCR, purifikasi gel, pembuatan sel kompeten E. coli DH5, ligasi dengan pGEM-T Easy vector, transformasi, PCR koloni transforman, isolasi plasmid menggunakan alkaline lysis, dan pengolahan data sekuensing dengan bioinformatika. Pengambilan sampel Bemisia tabaci dilakukan secara acak di lahan cabai pada pagi atau sore hari, kemudian disimpan dalam alkohol 70%. Primer universal AV1 dirancang berdasarkan data gen AV1 PYLCV dari NCBI menggunakan aplikasi MEGA 7 dan MEGA X. Isolasi DNA Bemisia tabaci dilakukan dengan DNeasy Blood & Tissue Kit, kemudian dicek dengan elektroforesis dan spektrofotometri. Amplifikasi gen target AV1 dilakukan dengan PCR menggunakan reagen dan kondisi yang spesifik. Pita DNA hasil amplifikasi dengan ukuran 500 bp dipurifikasi menggunakan Wizard SV Gel and PCR Clean-Up System. Sel kompeten E. coli DH5 dibuat dan kualitasnya diuji dengan kontrol positif dan negatif. Gen AV1 yang telah dipurifikasi kemudian diligasikan dengan pGEM-T Easy vector dan diinkubasi. Transformasi E. coli DH5 kompeten dilakukan dengan heat shock dan inkubasi. Koloni transforman yang berwarna putih dipilih untuk PCR koloni dengan primer M13 forward dan reverse. Plasmid diisolasi menggunakan metode alkaline lysis. Sebanyak 39 sampel berhasil disekuensing, datanya ditrimming, di-contig dengan BioEdit, dianalisis kemiripannya dengan BLAST, ditranslasi menggunakan ExPASy dan BLASTX, serta dibuat pohon filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining dengan bootstrap 1000 kali. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Genetika dan Biologi Molekuler SITH ITB dan Laboratorium Center of Advance Sciences CAS ITB dari Maret 2018 hingga Mei 2019.
