Perpustakaan Digital ITB

Long non-coding RNA (lncRNA) merupakan hasil trankripsi pada genom yang tidak memiliki Open Reading Frame (ORF), berukuran minimal 200 bp, dan tidak memiliki potensi untuk dikodekan menjadi protein. Penelitian mengenai lncRNA mulai berkembang semenjak munculnya penemuan terkait regulasi ekspresi gen yang berdampak terhadap metabolisme tumbuhan seperti respon pertahanan terhadap penyakit, perkembangan bunga hingga proses pematangan buah pada beberapa tanaman model seperti stroberi dan tomat. Namun, analisis mengenai karakterisasi lncRNA secara skala genomik pada tanaman pangan belum banyak dilakukan, khususnya buah pisang, salah satu buah yang paling banyak produksinya di Indonesia. Karakterisasi lncRNA menjadi esensial dan diharapkan menjadi salah satu potensi dalam regulasi gen untuk pemuliaan hasil panen pada tanaman pisang. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi dan mengkarakterisasi lncRNA pada beberapa database tranksriptomik tanaman pisang dan melakukan prediksi interaksi dengan microRNA secara in silico. Data diambil dari NCBI dan EMBL-EBI untuk pisang Cavendish (SRR924324), Berangan (SRR2132798), Pisang Yunnan (SRR6894782), Dajiao (SRR516083), dan Klutuk menggunakan metode analisis bioinformatika. Prediksi interaksi antara lncRNA dengan miRNA dilakukan menggunakan program psRNATarget. lncRNA pada setiap kultivar memiliki jumlah yang berbeda, dimana jumlah terbanyak dimiliki kultivar Cavendish sebanyak 3509 tranksrip, dan pisang Berangan dengan jumlah terendah sebanyak 1761 tranksrip. Hasil karakterisasi menunjukkan bahwa persebaran lncRNA pada kromosom tidak merata, terkonsentrasi pada kromosom tertentu. lncRNA cenderung tidak lestari dan sebagian besar berukuran dibawah 1000 bp (? 75% dari seluruh transkrip yang ditemukan). Hasil prediksi interaksi dengan psRNATarget pada dua lncRNA menunjukkan spesifitas interaksi inhibisi pada miRNA tertentu, yaitu miR397 pada satu tranksrip Cavendish dan miR444 pada satu tranksrip Klutuk.