Perpustakaan Digital ITB

Penggunaan pestisida, herbisida, fungisida, insektisida, pelarut, dan pewarna di industri kimia melepaskan senyawa organohalogen ke lingkungan. Sifat senyawa organohalogen yang beracun mengakibatkan senyawa ini berada di lingkungan dalam jangka waktu lama sehingga dapat mengganggu ekosistem lingkungan. Beberapa mikroba diketahui mampu mengkatalisis reaksi dehalogenasi, mengubah senyawa organohalogen menjadi senyawa lain yang tidak beracun. Pseudomonas aeruginosa strain lokal telah diteliti mampu mendegradasi senyawa organohalogen, dalam hal ini, asam monokloroasetat. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh klon dan menentukan urutan nukleotida gen haloacid dehalogenase dari Pseudomonas aeruginosa strain lokal. Metode penelitian meliputi isolasi gen haloacid dehalogenase (dengan pendekatan PCR), kloning dan penentuan urutan nukleotida. Gen haloacid dehalogenase dari Pseudomonas aeruginosa strain lokal berhasil diisolasi menggunakan primer spesifik dan dikonfirmasi dengan elektroforesis agarosa, yaitu diperoleh fragmen paed-d dan fragmen paed-l dengan ukuran berturut-turut ~750 pb dan ~1000-1500 pb. Hasil transformasi amplikon tersebut diseleksi dengan antibiotik ampisilin dan aktivitas galaktosidase. Koloni transforman dikonfirmasi dengan size screening, dan PCR koloni. Konfirmasi menunjukkan fragmen paed-d positif berada pada beberapa transforman. Sementara, fragmen paed-l, menunjukkan konfirmasi negatif dan penentuan urutan nukleotida fragmen paed-l tidak menunjukkan urutan yang diinginkan. Urutan nukleotida paed-d memberikan tingkat kemiripan 99% dengan gen haloacid dehalogenase dari 25 bakteri Pseudomonas aeruginosa pada GenBank (nomor akses: CP006728). Hasil deduksi Paed-d pada level protein memberikan tingkat kemiripan 100% dengan enzim haloacid dehalogenase dari 81 bakteri Pseudomonas aeruginosa dari GenBank (nomor akses: WP_003106623.1). Analisis conserved domains pada NCBI menunjukkan adanya satu sisi aktif Paed-d yang terletak di bagian tengah protein sekitar asam amino ke 120.