Perpustakaan Digital ITB

Kanker merupakan penyebab kematian kedua setelah penyakit kardiovaskuler. Salah satu faktor yang menjadi pemicu kanker ini adalah hormon estrogen. Reseptor estrogen alfa (ER α) banyak terdapat di kelenjar mammae sehingga banyak penelitian yang menjadikannya sebagai target uji dalam penelitian kanker payudara. Tahapan penapisan farmakologis senyawa aktif akan memakan waktu dan biaya yang besar. Komputer menawarkan metode in silico sebagai komplemen metode in vitro dan in vivo. Penapisan in silico, yang melibatkan basis data dengan struktur molekul relevan yang ditambatkan pada target protein. Prosedur penapisan virtual terhadap database senyawa kimia yang tersedia secara komersial. Pada awalnya dilakukan pembuatan model farmakofor menggunakan MOE dari beberapa senyawa turunan 4-hidroksitamoxifen (4-OHT) yang telah diketahui sebagai antagonis reseptor estrogen alfa. Model farmakofor terbaik kemudian digunakan untuk menyaring sekitar 165 juta senyawa pada database yang tersedia dalam webserver Pharmit. Hasil penapisan farmakofor kemudian disaring lebih lanjut berdasarkan sifat drug-likeness (Rule of Five, Veber Rule, dan jumlah inti aromatik) dan dilanjutkan dengan penyaringan terhadap senyawa-senyawa dengan substruktur PAINS (Pan Assay Interference Compounds) dan gugus toksikofor. Proses penambatan molekul menggunakan protokol rigid receptor docking terhadap ER-α(PDB ID: 3ERT). Kombinasi placement scoring Alpha PMI dengan docking score pertama Alpha-HB dan docking score kedua Affinity dG dipilih untuk tahap penambatan berdasarkan hasil validasi. Pendekatan ini menghasilkan tiga senyawa baru (ZINC 00000288327, ZINC 00058490627 dan PubChem 1233717) yang memiliki docking score lebih baik dibandingkan 4-hidroksitamoxifen dan, berdasarkan simulasi dinamika molekuler menunjukkan stabilitas dalam interaksi ligan-protein.