Perpustakaan Digital ITB

Sekuens genom kunyit (Curcuma longa L.) dengan definisi yang lebih tinggi dibutuhkan untuk akurasi identifikasi SNP dalam seleksi plasma nutfah kunyit berbasis Marker-Assisted Selection. Terdapat tiga de novo assembler utama untuk melakukan perakitan genom, yaitu SOAPdenovo, Velvet, dan ABySS. Akan tetapi, saat ini belum diketahui assembler yang dapat merakit genom berukuran besar seperti kunyit dengan hasil bacaan sekuensing pendek. Evaluasi akurasi ketiga assembler dilakukan dengan cara menghitung nilai completeness BUSCO dan N50 scaffold dari bacaan mentah yang diperoleh dari penelitian sebelumnya dengan ukuran 22.5 Gb menggunakan coverage 10x. Perakitan genom dilakukan dengan pembersihan bacaan mentah dari adapter dan berkualitas rendah. Bacaan mentah bersih kemudian disusun menjadi contig menggunakan tiga assembler dan dirakit hingga menjadi scaffold. Hasil penelitian diperoleh bahwa Assembler Velvet memberi kualitas perakitan dengan tingkat akurasi tertinggi, nilai completeness BUSCO Velvet mencapai 78.80% dan nilai N50 scaffold 11.55 Mb dibandingkan dengan SOAPdenovo (75.90%, N50 8.88 Mb) dan ABySS (66.30%, N50 8.34 Mb). Oleh karena itu, de novo assembler Velvet paling baik untuk melakukan perakitan genom kunyit (Curcuma longa L.).