COVER Janice Dian Pitaloka
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 1 Janice Dian Pitaloka
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 2 Janice Dian Pitaloka
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 3 Janice Dian Pitaloka
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 4 Janice Dian Pitaloka
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 5 Janice Dian Pitaloka
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
PUSTAKA Janice Dian Pitaloka
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Penyakit COVID-19 ditetapkan sebagai pandemi global pada 11 Maret 2020
dan tersebar ke 223 negara termasuk Indonesia, yang menduduki peringkat ke-14
dengan kasus positif terbanyak per 19 Oktober 2021, yaitu 4.235.384 total kasus
positif. Penyakit ini disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 yang termasuk ke dalam
famili Coronaviridae. Virus SARS-CoV-2 telah mengalami mutasi sehingga
menyebabkan munculnya varian-varian baru, dimana beberapa varian termasuk
varian mengkhawatirkan (Variant of Concern / VOC). Mutasi pada varian tersebut
dikarakterisasi melalui mutasi protein spike (S) yang berinteraksi dengan reseptor
hACE2. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan analisis profil mutasi protein S
dari VOC di Indonesia sampai dengan tanggal 17 Juni 2021. Metodologi penelitian
meliputi analisis mutasi protein S pada 1.676 sampel di Indonesia berdasarkan
database GISAID. Analisis filogenetika dilakukan melalui konstruksi kelompok
data, pensejajaran dengan MAFFT, pemotongan sekuen dengan Gblocks, dan
konstruksi pohon filogenetik menggunakan Mr. Bayes. Protein hasil pensejajaran
MAFFT dianalisis menggunakan menggunakan CoV-GLUE, pengelompokkan
mutasi VOC dengan nilai frekuensi ? 1,85%, pemodelan homologi SWISSMODEL,
mutagenesis dengan PyMOL, docking molekuler dengan HDOCK, serta
mekanika molekuler MM/GBSA. Hasil analisis menunjukkan terdapat 26 varian di
Indonesia, dimana varian lokal (B.1.466.2 dan B.1.470), serta VOC Alfa dan Beta,
serta varian Delta paling banyak ditemukan di Provinsi Bali, Provinsi DKI Jakarta,
dan Provinsi Jawa Barat, secara berurutan. Mutasi N501Y pada varian Alfa, Beta,
dan Gamma, serta mutasi P681R pada varian Delta menunjukkan pengaruh positif
terhadap stabilitas interaksi antara protein S dengan reseptor hACE2, dimana kedua
mutasi tersebut menunjukkan nilai ??GIkatan di atas 0,5 kcal/mol yang lebih tinggi
dari virus Wuhan. Peningkatan jumlah ikatan hidrofobik (100 ikatan) hanya
diperoleh pada mutasi N501Y dibandingkan referensinya. Oleh karena itu, mutasi
N501Y yang terdapat pada varian Alfa, Beta, dan Gamma, serta mutasi P681R dari
varian Delta merupakan mutasi dan varian yang perlu diwaspadai berdasarkan hasil
analisis in silico. karena berpotensi memunculkan varian-varian virus yang lebih
cepat menular dan meningkatkan potensi perburukan saat infeksi.