Perpustakaan Digital ITB

Indonesia merupakan salah satu negara dengan garis pantai terpanjang di dunia yang memiliki potensi komoditas laut yang tinggi, salah satunya lobster yang merupakan komoditas laut dengan nilai ekonomis tinggi. Namun, dengan permintaan pasar internasional sebesar 200.000 ton/tahun, Indonesia hanya mampu mengekspor sebanyak 2.200 ton pada tahun 2020. Lobster pasir (Panulirus homarus) merupakan salah satu jenis lobster yang paling umum di perairan Indonesia, tetapi belum pernah dilakukan penelitian di tingkat genetik sebagai upaya meningkatkan tingkat produksinya. De novo assembly merupakan metode untuk menghasilkan draf genom lengkap organisme tanpa referensi menggunakan sekuens short reads, long reads, maupun gabungan atau hybrid-reads. Metode perakitan genom yang dilakukan menggunakan konsep grafik de Bruijn dengan menggunakan teori k-mer. Variansi genetik merupakan fenomena perubahan materi genetik organisme yang dapat disebabkan oleh peristiwa substitusi, delesi, insersi, transisi, transversi, dan bentuk perubahan materi genetik lainnya. Sampel jaringan lobster pasir diproses dengan Illumina NextSeq 500 dengan input 65 Gb untuk menghasilkan sekuens short reads, dan dengan Oxford Nanopore Technology (ONT) dengan input 20,2 Gb untuk menghasilkan sekuens long reads. Alur dalam perakitan genom secara garis besar terdiri dari proses kontrol kualitas dan penyaringan, estimasi profil genom, perakitan genom dengan short-reads, dan hybrid scaffolding. Kemudian, dilakukan deteksi jenis variansi yang terdapat dalam sampel dengan dibandingkan kepada genom referensi spesies berkerabat. Proses komputasi dan pengolahan data menggunakan sumber daya komputasi dari CyVerse (www.cyverse.org). Sekuens short reads hasil sekuensing disaring untuk mengatasi kandungan sekuens overekspresi dan adaptor. Sedangkan, sekuens long reads hasil sekuensing disaring untuk meningkatkan kualitas rerata dan meningkatkan ukuran rerata dan N50 sekuens. Estimasi ukuran genom lobster pasir (Panulirus homarus) mencapai 2,21 Gbp dengan tingkat heterozigositas yang tinggi. Tingkat ketepatan pemetaan antara hasil rakitan genom short-reads dan long-reads mencapai hingga 95,6%. Hasil rakitan draf genom lobster pasir (Panulirus homarus) dengan pendekatan short-reads, long-reads, dan hybrid-reads memiliki ukuran N50 masing-masing: 1.728; 9.436; dan 11.485 bp dengan tingkat kelengkapan genom ortolog masing-masing: 28,8; 44,8; dan 55,4%. Variansi yang terdeteksi pada draf genom lobster pasir (Panulirus homarus) dengan pendekatan hybrid-reads meliputi variansi tipe MNP (Multiple-Nucleotide Polymorphism), insersi, dan variansi gabungan.