Perpustakaan Digital ITB

Beban kesehatan kanker pada dunia sangatlah tinggi, dengan kanker payudara sebagai kontributor tertinggi pada jumlah kasus kanker wanita. Tingginya angka kematian kanker payudara walaupun terdapat pengobatan konvensional seperti kemoterapi dan targeted therapy mengindikasikan diperlukan kandidat antikanker baru. Piridin beraktivitas biologis luas seperti antiinflamasi, analgesik, dll. dengan target yang beragam. Derivat karbohidrat beragam sifatnya, dengan pentosa sebagai senyawa yang melimpah serta diketahui beraktivitas antikanker. Walaupun demikian, kombinasi kedua gugus ini kurang diteliti, sehingga kerangka piridin-pentosa diuji menggunakan simulasi docking pada reseptor galur sel MCF-7 sebagai model kanker payudara Luminal A untuk dikembangkan sebagai kandidat antikanker. Struktur 3D ligan uji dirancang menggunakan Avogadro 1.2.0, dioptimasi menggunakan ORCA 6.1.0, dan dipreparasi menggunakan BIOVIA Discovery Studio 2025 Client. Validasi parameter docking dilakukan dengan redocking ligan kokristal terhadap reseptornya menggunakan aplikasi AutoDock 4.2.6 dan MGLTools 1.5.7 sampai didapatkan hasil RMSD < 2 Å. Digunakan parameter ukuran grid box 50 × 50 × 50, spacing 0,375 Å, koordinat pusat (x, y, z) dipusatkan pada ligan kokristal, serta algoritma LGA (Lamarckian Genetic Algorithm) dengan 100 kali pencarian. Hasil docking terbaik dianalisis interaksinya menggunakan BIOVIA Discovery Studio 2025 Client. Hasil simulasi docking menunjukkan senyawa piridin–pentosa menunjukkan kemiripan interaksi tertinggi terhadap reseptor human epidermal growth factor 2 (ErbB2/HER2). Kemiripan tertinggi dipegang senyawa 12, dilanjutkan oleh 3 lalu 7. Disarankan optimasi struktur lebih lanjut serta simulasi molecular dynamics untuk melanjutkan studi.