Perpustakaan Digital ITB

Simulasi Dinamika Molekular adalah sebuah metode untuk mensimulasikan pergerakan partikel di suatu sistem. Simulasi tersebut merupakan suatu proses komputasi yang kompleks dan performa simulasi sangat bergantung pada kom- puter yang digunakan. Dengan demikian, dibutuhkan sebuah sistem kom- putasi kinerja tinggi untuk mencapai efesiensi simulasi yang optimal. Salah satu solusinya adalah dengan menggunakan komputasi paralel untuk mem- percepat waktu simulasi. Dalam penelitian ini, digunakan API CUDA yang dikembangkan oleh Nvidia, untuk merancang sistem simulasi dinamika moleku- lar komputasi paralel dengan bantuan dari GPU Nvidia. Sistem yang digu- nakan dalam simulasi ini adalah partikel-partikel gas mulia, yaitu Helium, Neon, Argon, Krypton, Xenon, dan Radon. Interaksi antar partikel dimod- elkan dengan menggunakan energi potensial Lennard-Jones dan perhitungan persamaan gerak Newton menggunakan metode velocity Verlet. Sistem lalu ditolak ukur dengan membandingkan waktu eksekusi simulasi antara pro- gram simulasi serial, program simulasi paralel GPU dengan menggunakan CUDA, dan program simulasi paralel CPU dengan menggunakan OpenMP. Hasil waktu program simulasi paralel lebih cepat dibandingkan dengan pro- gram simulasi serial.