Kontaminasi tembaga (Cu) dan seng (Zn) di sungai-sungai DAS Citarum sebagai sumber air bagi Waduk Cirata dan kolam air deras karena limbah domestik, industri, dan pertanian telah meningkatkan resiko terjadinya akumulasi Cu dan Zn pada ikan budidaya. Tujuan penelitian ini untuk dapat mengetahui potensi bioakumulasi tembaga (Cu) dan seng (Zn) pada ikan mas (Cyprinus carpio L.) yang dibudidayakan di Waduk Cirata (WC) dan kolam air deras (KAD), selain itu juga ingin diketahui efektivitas proses depurasi sebagai usaha untuk meningkatkan mutu ikan budidaya. Sampel air dan ikan diperoleh dari Waduk Cirata dan kolam air deras dengan frekuensi pengambilan sampel sebanyak 4 kali dalam kurun waktu 9 minggu dengan selang antar pengambilan 3 minggu. Sampel ikan pada pengambilan terakhir ditempatkan di laboratorium untuk percobaan depurasi. Hasil pengukuran menunjukkan bahwa pada tahap akumulasi, rata-rata konsentrasi Cu dan Zn di Waduk Cirata sebesar 0,0093 mg/L dan 0,073 mg/L sedangkan rata-rata konsentrasi Cu dan Zn di kolam air deras, yaitu sebesar 0,0065 mg/L dan 0,037 mg/L. Analisa statistik menunjukkan tidak terdapat perbedaaan konsentrasi Cu dan Zn yang signifikan pada kedua lokasi tersebut. Konsentrasi Cu di ikan memiliki perbedaan yang signifikan antara WC dengan KAD, dengan rata-rata konsentrasi sebesar 4,35 mg/kg (WC) dan 3,41 mg/kg (KAD), sedangkan konsentrasi Zn di ikan tidak berbeda secara signifikan pada kedua lokasi tersebut, dengan rata-rata konsentrasi sebesar 276,14 mg/kg (WC) dan 294,45 mg/kg (KAD). Pada tahap depurasi, konsentrasi Cu dan Zn di air akuarium depurasi dengan ikan yang berasal dari Cirata tidak berbeda signifikan dengan kolam air deras, dengan rata-rata konsentrasi Cu di air sebesar 0,017 mg/L (WC); 0,0205 mg/L (KAD) dan rata-rata konsentrasi Zn di air sebesar 0,256 mg/L (WC) dan 0,352 mg/L (KAD). Sedangkan konsentrasi Cu dan Zn di ikan pada tahap depurasi memiliki perbedaan yang signifikan diantara kedua lokasi tersebut, rata-rata konsentrasi Cu dan Zn di akuarium depurasi Cirata, yaitu 5,64 mg/kg dan 471,54 mg/kg, selain itu rata-rata konsentrasi Cu dan Zn di akuarium depurasi KAD, yaitu 3,88 mg/kg dan 347,22 mg/kg. Urutan konsentrasi Cu dan Zn dari yang terbesar hingga yang terkecil pada tahap akumulasi di kedua lokasi tersebut, yaitu hati, insang, otot, dan sisik. Sedangkan pada tahap depurasi urutan konsentrasi Cu di organ ikan pada kedua lokasi tersebut, yaitu: hati > insang > otot > sisik; sedangkan untuk Zn, yaitu: hati > insang > otot > sisik (WC); insang > hati > sisik > otot (KAD).