Curah hujan yang tinggi, berkurangnya drainase atau kapasitas sungai, topografi, perubahan tata guna lahan, dan pengaruh pasang surut air laut merupakan faktor penyebab banjir. Banjir yang terjadi dari Tahun 2019 sampai dengan Tahun 2023 di Sungai Pemaluan Kabupaten Penajam Paser Utara mengakibatkan masyarakat kesulitan beraktivitas, berdampak pada sosial-ekonomi dan pembangunan dari bencana ini cukup signifikan. Kabupaten Penajam Paser Utara, melalui pengukuran debit observasi guna menentukan nilai awal koefisien kekasaran manning dan diperoleh rating curve. Analisis menunjukkan bahwa tingkat ancaman banjir di RT 1 dan 4 termasuk tinggi, RT 2, 3, dan 5 tergolong sedang, sedangkan RT 6 memiliki ancaman rendah. Tingkat kerentanan yang bervariasi baik sosial, ekonomi, fisik dan lingkungan di Kelurahan Pemaluan memiliki klasifikasi sedang begitupun tingkat kapasitas. Risiko banjir yang diidentifikasi pada kategori risiko sedang. Sebagai solusi pengendalian banjir, pendekatan berbasis alam (nature-based solution) diterapkan melalui restorasi hutan dan lahan basah, yang bertujuan untuk meningkatkan kapasitas retensi air dan mengurangi limpasan. Implementasi ini berdampak pada perubahan nilai CN Komposit serta perbaikan sempadan sungai. Hasilnya, luas genangan banjir menurun dari 5,24 km² menjadi 3,83 km², dengan pengurangan volume banjir sebesar 42,25%. Pendekatan ini menunjukkan bahwa pengelolaan berbasis ekosistem efektif dalam mengurangi dampak banjir sekaligus memperbaiki kondisi lingkungan di sepanjang Sungai Pemaluan.