Perpustakaan Digital ITB

Kunyit merupakan tanaman yang memiliki banyak manfaat, terutama dalam bidang kesehatan. Indonesia merupakan salah satu negara produsen kunyit di dunia dengan jumlah permintaan ekspor kunyit yang terus meningkat setiap tahunnya. Namun, kultivar kunyit yang ada saat ini belum menghasilkan produktivitas dan kualitas yang mampu memenuhi kebutuhan pasar. Pemuliaan tanaman kunyit secara konvensional memiliki keterbatasan karena tanaman ini jarang berbunga dan bersifat steril (tidak ada pembentukan biji) sehingga sulit untuk dikawin silangkan. Hal ini membuat informasi genetik tanaman kunyit untuk keperluan pemuliaan molekuler menjadi sangat penting, karena pemuliaan molekuler dapat mempercepat proses seleksi dan pengembangan kultivar unggul melalui pemanfaatan penanda genetik. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi keragaman genetik 40 genotipe kunyit Indonesia dan menganalisis struktur populasi menggunakan penanda molekuler SNP, serta mengidentifikasi SNP yang terkait dengan berat rimpang. Hasil rimpang yang tinggi merupakan sifat penting untuk mengembangkan varietas kunyit baru. Sebagai langkah pertama dalam membuat basis data SNP Curcuma longa, genotyping dilakukan menggunakan teknologi DArTseq dan diperoleh sebanyak 10.092 SNP. Analisis struktur populasi menggunakan perangkat lunak STRUCTURE dengan burn-in sebanyak 10.000 generasi dan 10.000 iterasi Markov Chain Monte Carlo (MCMC) dan analisis kekerabatan (kinship) antara pasangan aksesi menggunakan metode Centered IBS (identity by state) di TASSEL mengungkapkan bahwa aksesi kunyit terbagi menjadi dua sub-kluster, dengan heterozigositas menunjukkan keragaman genetik yang sempit dalam populasi tersebut. Studi asosiasi lintas genom (GWAS) dilakukan menggunakan paket Genomic Association and Prediction Integrated Tool (GAPIT) di R dan metode Fixed and Random Model Circulating Probability Uniform (FarmCPU). Berdasarkan hasil studi asosiasi, teridentifikasi dua penanda SNP masing-masing pada kromosom yaitu 17 dan 21 yang secara signifikan berasosiasi dengan berat rimpang (FDR<0,05). Hasil anotasi sekuens menunjukkan bahwa kedua SNP tersebut berada pada gen yang mengkode RINT-1- like protein MAG2 dan Cyclin-D5-1-like protein. Hasil penelitian ini memberikan informasi tentang gen terkait hasil Curcuma longa yang dapat digunakan untuk program pemuliaan guna meningkatkan produktivitas kunyit.