Perpustakaan Digital ITB

Kunyit (Curcuma longa L.) merupakan tanaman obat dengan daya saing global yang tinggi, sehingga pengembangan varietas kunyit Indonesia yang unggul diperlukan agar dapat bersaing dengan pasar internasional. Pemuliaan molekuler dengan seleksi berbasis penanda (marker assisted selection) yang didapat dari database penanda molekuler diperlukan untuk mendapatkan varietas unggul. Posisi penanda molekuler yang akurat didapatkan dari draf genom berdefinisi tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk membangun draf genom kunyit Indonesia untuk pengembangan basis data penanda molekuler kunyit. Sampel daun kunyit aksesi G26.1 dikoleksi dari lahan percobaan Ciparanje di Universitas Padjadjaran. Hasil isolasi DNA genomik menunjukkan konsentrasi 50,4 ng/ul dengan rasio absorbansi A260/A280 sebesar 1,83, kemudian dikonfirmasi sebagai Curcuma longa dengan marka gen ITS2. Sampel DNA aksesi G26.1 disekuensing menggunakan Illumina NovaSeq 6000 menghasilkan 150 juta Paired-End Reads dengan panjang 150 pb dan total ukuran sebesar 22,5 Gpb. Ukuran genom dan tingkat ploidi diprediksi menggunakan GenomeScope dan Smudgeplot, yang menunjukkan prediksi ukuran genom sebesar 641-661 Mpb dengan karakter diploid. Perakitan draf genom menghasilkan ukuran sebesar 659 Mpb, nilai N50 sebesar 8 Mpb, dan persentase kelengkapan BUSCO sebesar 78,4%. Hasil penelitian ini dapat dijadikan informasi dasar dalam perakitan genom hingga ke level kromosom yang akan dijadikan referensi untuk konstruksi database SNP pada penelitian selanjutnya.