Perpustakaan Digital ITB

Indonesia merupakan negara dengan hutan hujan tropis terluas ketiga di dunia setelah Brazil dan Republik Demokratik Kongo dengan keanekaragaman flora dan faunanya yang tergolong lebih tinggi dibandingkan Amerika Selatan dan Afrika, salah satunya yaitu Tanaman kayu Dipterocarpaceae. Dipterocarpaceae merupakan salah satu tanaman kayu yang mempunyai nilai ekonomis sangat tinggi, sehingga berpotensi besar sebagai objek dalam kasus illegal logging yang banyak terjadi di Indonesia. Sebagai salah satu upaya untuk mengatasi kasus illegal logging khususnya tanaman kayu Dipterocarpaceae, diperlukan suatu metode yang dapat menentukan asal usul kayu, diantaranya yaitu metode identifikasi secara morfologi, akan tetapi metode tersebut kurang akurat jika digunakan untuk identifikasi kayu gelondongan atau kayu yang telah diproses. Oleh karena itu, diperlukan metode alternatif yaitu metode Penanda genetik berbasis SNP (Single Nucleotide Polymorphism) yang dapat membedakan Dipterocarpaceae hingga tingkat genus dan spesies. Tujuan dari penelitian ini adalah menemukan kandidat penanda genetik berbasis SNP menggunakan gen trnL untuk identifikasi Dipterocarpaceae endemik Indonesia di tingkat genus dan spesies. Pada penelitian berbasis komputasi, urutan gen penanda trnL Dipterocarpaceae endemik Indonesia dikumpulkan dari basis data publik NCBI, dikelompokkan berdasarkan genus dan spesies, dan dilakukan penyejajaran di tingkat genus dan spesies menggunakan ClustalW pada perangkat lunak BioEdit. Pencarian SNP dilakukan pada hasil penyejajaran. Hasil dari penelitian ini menunjukkan 7 dari 8 genus yang dianalisis mempunyai SNP diagnostik untuk identifikasi antar genus (Vatica tidak mempunyai SNP diagnostik), sementara untuk identifikasi antar spesiesnya ditemukan SNP diagnostik pada 3 genus (Dryobalanops, Hopea, dan Shorea). Terdapat 1 genus (Vatica) yang mempunyai SNP tapi tidak bersifat diagnostik dan 4 genus yang tidak memiliki SNP, yaitu genus Anisoptera, Cotylelobium, Dipterocarpus, dan Parashorea.