Kunyit merupakan tanaman yang memiliki banyak manfaat, terutama dalam bidang kesehatan.
Indonesia merupakan salah satu negara produsen kunyit di dunia dengan jumlah permintaan
ekspor kunyit yang terus meningkat setiap tahunnya. Namun, kultivar kunyit yang ada saat ini
belum menghasilkan produktivitas dan kualitas yang mampu memenuhi kebutuhan pasar.
Pemuliaan tanaman kunyit secara konvensional memiliki keterbatasan karena tanaman ini
jarang berbunga dan bersifat steril (tidak ada pembentukan biji) sehingga sulit untuk dikawin
silangkan. Hal ini membuat informasi genetik tanaman kunyit untuk keperluan pemuliaan
molekuler menjadi sangat penting, karena pemuliaan molekuler dapat mempercepat proses
seleksi dan pengembangan kultivar unggul melalui pemanfaatan penanda genetik. Penelitian
ini bertujuan untuk mengkarakterisasi keragaman genetik 40 genotipe kunyit Indonesia dan
menganalisis struktur populasi menggunakan penanda molekuler SNP, serta mengidentifikasi
SNP yang terkait dengan berat rimpang. Hasil rimpang yang tinggi merupakan sifat penting
untuk mengembangkan varietas kunyit baru. Sebagai langkah pertama dalam membuat basis
data SNP Curcuma longa, genotyping dilakukan menggunakan teknologi DArTseq dan
diperoleh sebanyak 10.092 SNP. Analisis struktur populasi menggunakan perangkat lunak
STRUCTURE dengan burn-in sebanyak 10.000 generasi dan 10.000 iterasi Markov Chain
Monte Carlo (MCMC) dan analisis kekerabatan (kinship) antara pasangan aksesi
menggunakan metode Centered IBS (identity by state) di TASSEL mengungkapkan bahwa
aksesi kunyit terbagi menjadi dua sub-kluster, dengan heterozigositas menunjukkan keragaman
genetik yang sempit dalam populasi tersebut. Studi asosiasi lintas genom (GWAS) dilakukan
menggunakan paket Genomic Association and Prediction Integrated Tool (GAPIT) di R dan
metode Fixed and Random Model Circulating Probability Uniform (FarmCPU). Berdasarkan
hasil studi asosiasi, teridentifikasi dua penanda SNP masing-masing pada kromosom yaitu 17
dan 21 yang secara signifikan berasosiasi dengan berat rimpang (FDR<0,05). Hasil anotasi
sekuens menunjukkan bahwa kedua SNP tersebut berada pada gen yang mengkode RINT-1-
like protein MAG2 dan Cyclin-D5-1-like protein. Hasil penelitian ini memberikan informasi
tentang gen terkait hasil Curcuma longa yang dapat digunakan untuk program pemuliaan guna
meningkatkan produktivitas kunyit.