Xilanase merupakan enzim yang memecah ikatan ?-1,4 glikosidik secara acak pada polimer
xilan menjadi xilosa dan xilo-oligosakarida (XOS). Xilan merupakan komponen utama
hemiselulosa, biomassa terbesar di bumi sehingga xilanase telah diaplikasikan secara luas pada
industri makanan, bahan bakar, pakan ternak, dan kertas. Pada penelitian sebelumnya, telah
diperoleh gen pengode xilanase keluarga GH43 (xil43) dari genom Bacillus amyloliquefaciens
ABBD berukuran 1488 pb. Tujuan penelitian ini adalah mengonstruksi plasmid rekombinan
pET-16b-xil43 dan mengekspresikan gen xil43 dalam Escherichia coli. Untuk mencapai tujuan
penelitian, xil43 hasil penelitian sebelumnya diamplikasi untuk menambahkan sisi
pemotongan enzim yang kompatibel dengan vektor ekspresi. Tahap berikutnya adalah
perbanyakan xil43 yang telah ditambah sisi pemotongan enzim melalui proses kloning dan
hasilnya dikonfirmasi dengan PCR koloni, analisis restriksi, dan penentuan urutan nukleotida.
Tahap selanjutnya adalah subkloning xil43-sisi restriksi dengan vektor ekspresi pET-16b dan
hasilnya dikarakterisasi dengan PCR koloni dan penentuan urutan nukleotida. Proses
selanjutnya adalah ekspresi pET-16b-xil43 dalam sel E. coli ArcticExpress (DE3) dan
pemurnian xilanase GH43. Perbanyakan xil43-sisi restriksi berhasil dilakukan dengan teknik
PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan suhu optimum penempelan primer sebesar 46,7 ?C
dan urutan nukleotidanya juga telah sesuai dengan database. Hasil ini selanjutnya disubkloning
dengan plasmid pET16b-xil43 menghasilkan plasmid rekombinan pET16b-xil43. Urutan
nukleotida xil43 yang ada pada pET16b-xil43 juga sesuai database. pET16b-xil43 ini juga
telah berhasil digunakan untuk mentransformasi E. coli ArcticExpress (DE3). Ekspresi
pET16b-xil43 dengan induser 0,1 mM IPTG pada suhu 10 0C selama 16–18 jam menghasilkan
pita tebal berukuran 54,8 kDa pada elektroferogram SDS-PAGE. Larutan ekstrak kasar dari
hasil lisis (bagian terlarut) sel E. coli ArcticExpress (DE3)-pET16b-xil43 juga memiliki
aktivitas xilanase menggunakan 1% (b/v) xilan dari beechwood dengan aktivitas spesifik
sebesar 0,379±0,003 U/mg. Xilanase GH43 juga telah berhasil dimurnikan dengan
kromatografi afinitas Ni-NTA menghasilkan pita tunggal pada elektroferogram SDS-PAGE.