Gastritis merupakan salah satu penyakit yang umum diderita masyarakat di negara berkembang dan penanganan untuk penyakit ini salah satunya adalah penggunaan obat pantoprazol. Dalam usaha peningkatan efektivitasnya, obat ini dapat dibuat dalam bentuk Molecularly Imprinted Polymer (MIP) dimana MIP ini memiliki selektivitas dan spesifisitas yang baik terhadap molekul cetakannya serta ketahanan yang baik. Optimasi MIP dilakukan dengan studi in silico untuk menentukan jenis monomer fungsional dan rasio molar monomer fungsional dengan molekul cetakan yang paling baik. Penelitian dilakukan menggunakan perangkat lunak Gaussian09W dan Gaussview 5.0.8. Metode semiempiris PM6 digunakan dalam semua perhitungan pada penelitian ini. Monomer fungsional yang menjadi kajian dalam penelitian ini yaitu asam metakrilat (MAA), metakrilamida (MAAM), dan 4-vinilpiridin (4-VP). Kompleks pantoprazol dengan monomer fungsional dibuat dengan variasi rasio molar 1:1 hingga 1:8 untuk MAA dan MAAM dan 1:1 untuk 4-VP. Evaluasi untuk mengkaji/menganalisis kompleks yang terbentuk dilakukan terhadap parameter energi kompleksasi, perbedaan energi (Eg), potensi kimia (µ), chemical hardness (?), dan energi stabilisasi. Berdasarkan analisis yang telah dilakukan, kompleks MIP yang memberikan energi kompleksasi dan µ terendah adalah kompleks pantoprazol-MAA dengan rasio 1:7 dengan energi kompleksasi (?E) sebesar -174,708 kJ/mol dan µ sebesar -0,186 eV. Selain itu, kompleks yang memberikan perbedaan energi (Eg) dan chemical hardness (?) tertinggi adalah kompleks pantoprazol-MAA dengan rasio 1:7 yang memiliki Eg sebesar 0,308 eV dan ? sebesar 0,154 eV. Maka dari itu dapat disimpulkan bahwa monomer fungsional yang terbaik untuk sintesis MIP pantoprazol adalah MAA dengan rasio kompleks terbaik 1:7.