Resistensi antimikroba pada patogen dinyatakan oleh WHO sebagai salah satu dari sepuluh ancaman kesehatan masyarakat terbesar terhadap kesehatan manusia. Pengobatan baru untuk terapi antimikroba dapat dicari dari bahan alam yang melimpah di Indonesia, contohnya cendawan endofit. Penelitian ini ditujukan untuk menguji aktivitas antimikroba dari ekstrak, fraksi, dan isolat senyawa metabolit dari cendawan edofit Cladophialophora nyingchiensis S51 terhadap Escherichia coli, Staphylococcus aureus, dan Candida albicans. Penelitian ini dimulai dengan ekstraksi media cendawan dengan ekstraksi cair-cair dan ekstraksi biomassa cendawan dengan maserasi. Ekstrak media, yang menunjukkan aktivitas antimikroba yang lebih baik, difraksinasi dengan kromatografi cair vakum, kemudian senyawa dominannya diisolasi menggunakan kromatografi radial. Ekstrak, fraksi, dan isolat diuji aktivitas antimikroba dengan metode difusi cakram, dan ditentukan Konsentrasi Hambat Minimum dan Konsentrasi Bunuh Minimum isolat dengan metode microdilution dan drop test. Dari hasil fraksinasi didapatkan 4 fraksi gabungan untuk diuji aktivitas antimikrobanya dan didapatkan bahwa setiap fraksi memberikan diameter hambat terhadap E. coli berturut-turut 8,07, 10,04, 10,65, dan 7,90 mm, terhadap S. aureus berturut-turut 12,45, 10,95, 10,25, dan 0 mm, dan terhadap C. albicans berturut-turut 9,32, 8,80, 8,22, dan 8,55 mm. Kemudian, dilakukan isolasi dan pemurnian senyawa dominan, dan dilakukan identifikasi golongan senyawa metabolit isolat dengan menyemprotkan pereaksi semprot dan didapatkan bahwa senyawa yang diisolasi merupakan senyawa golongan fenolik. Isolat tersebut menunjukkan aktivitas antimikroba terhadap E. coli dan S. aureus, namun tidak terhadap C. albicans. Didapatkan KHM dan KBM isolat terhadap E. coli adalah 2048 ?g/mL, dan nilai KHM dan KBM isolat terhadap S. aureus berturut-turut bernilai 1024 ?g/mL dan 2048 ?g/mL.