Perpustakaan Digital ITB

Lobster memiliki kepentingan secara ekonomi dikarenakan harganya yang tinggi dan permintaan di pasar Internasional yang selalu meningkat dari tahun ke tahun. Walau Indonesia memiliki potensi budidaya lobster yang tinggi, masalah penyakit pada lobster yang dibudidayakan secara kolektif menyebabkan kerugian besar pada sektor produksi lobster setiap tahun. Sekuensing genom utuh dapat bermanfaat untuk pemahaman dasar karakteristik genetik pada lobster. Ada keterbatasan informasi penelitian genomik untuk lobster spesies Indonesia, sehingga, penelitian ini bertujuan merakit genom dari lobster pasir (Panulirus homarus) yang diharapkan dapat mendukung sektor riset dasar dan budidaya dari lobster pasir di Indonesia di masa depan. Pada penelitian ini telah dilakukan percobaan untuk perakitan dengan menggabungkan teknologi short-read sequencing dan long-read sequencing atau yang disebut dengan hybrid-read sequencing guna menghasilkan genom yang lebih komprehensif dan lengkap. Dilakukan long read sequencing menggunakkan Oxford Nanopore sebesar 20GB dan coverage 10x, sedangkan short read sequencing menggunakkan Illumina NextSeq 500 sebesar 65GB dan coverage 20x. Alur perakitan pada penelitian ini terdiri dari proses quality control dan filtering, estimasi profil genom, dan assembly genom dengan metode hybrid scaffolding. Setelah didapatkan hasil genom, dilakukan analisis anotasi pada hasil genom tersebut dan referensi genom lobster pasir NCBI GCA_032361405.1. Pengolahan data perakitan menggunakkan sumber daya komputasi CyVerse dan digunakan program Geneious untuk proses anotasi draf sekuen genom. Didapatkan estimasi ukuran genom Panulirus homarus sebesar 2,21 Gbp. Setelah dilakukan mapping, didapatkan angka presisi mapping genom sebesar 95,6%. Hasil rakitan draf genom lobster pasir dengan metode short-reads, long reads, dan hybrid-reads memiliki ukuran N50 secara berurutan 1.728 bp, 9.436 bp, dan 11.485 bp dengan tingkat kelengkapan genom ortolog masing-masing metode tersebut sebesar 28,8%, 44,8%, dan 55,4%. Hasil anotasi dari draf genom menunjukkan hasil total 705 anotasi, sedangkan jumlah anotasi genom referensi NCBI GCA_032361405.1 bernilai total 354 anotasi. Anotasi tersebut terdiri atas AttB, AttL, AttP, AttR, CDS, D-Loop , Gene, rRNA, dan tRNa.