Perpustakaan Digital ITB

Latar belakang dan tujuan : Interaksi antara porfirin dan turunannya dengan DNA telah menjadi perhatian para peneliti sejak beberapa dekade lalu. Kemampuan porfirin berikatan dengan untai DNA, dan sensitifitasnya terhadap cahaya membuat senyawa tersebut banyak dikembangkan sebagai agen fotosensitizer untuk terapi kanker. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi interaksi beberapa turunan porfirin terhadap DNA. Metode dan Hasil : Model molekul senyawa porfirin dibentuk menggunakan piranti lunak HyperChem 8.0.10 dan dioptimasi geometri menggunakan metode Ab Initio. Energi minimum tiap senyawa dianalisa menggunakan piranti lunak Molecular Operating Environment (MOE) 2009.10, selanjutnya dilakukan docking porfirin pada untai ganda DNA. Simulasi dinamika molecular dilakukan terhadap kompleks DNA+porfirin hasil docking yang bernilai RSMD kurang dari dua. Docking dan simulasi dinamika molekuler dilakukan menggunakan piranti lunak MOE 2009.10. Hasil optimasi geometri menunjukkan bahwa senyawa TDM-2-ImP4+ (4Cl-) memiliki tingkat energi paling rendah yaitu –222,79 (x 103 kKal/mol). Sementara hasil docking menunjukkan TM-4-PyP4+ memiliki afinitas terbaik terhadap DNA yaitu –27,01 kKal/mol. Hasil simulasi dinamika molekuler selama 5 pikodetik menunjukkan bahwa kompleks DNA+TDM-2-ImP4+ memiliki tingkat energi potensial paling rendah yaitu sebesar –656.96 kKal/mol. Perbandingan energi kinetik menunjukkan bahwa kompleks DNA+TDM-2-ImP4+ memiliki nilai energi paling rendah sebesar 321,32 kKal/mol, sedangkan energi total saat 5 pikodetik menunjukkan bahwa kompleks DNA+TDM-2-ImP4+ memiliki energi paling rendah sebesar –335.639 kKal/mol. Kesimpulan : Berdasarkan hasil simulasi dinamika molekuler dengan mengacu pada perbandingan energi potensial, energi kinetik dan energi total, maka interaksi kationik porfirin TDM-2ImP4+ dan untai ganda DNA dapat menghasilkan suatu interaksi yang stabil.