Perpustakaan Digital ITB

Gen tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase (dapD) merupakan salah satu gen yang dapat disisipkan pada plasmid untuk sistem seleksi auksotrof. Gen ini berfungsi sebagai marka seleksi transforman untuk menggantikan gen resistensi antibiotik. Pada penelitian sebelumnya, plasmid dengan sistem autoinduksi (pCAD) telah dikonstruksi. Sistem seleksi antibiotik yang digunakan pada pCAD akan diganti menjadi sistem seleksi auksotrof dapD. Situs pemotongan Ndel sering digunakan pada Multiple Cloning Site sehingga situs pemotongan Ndel pada gen dapD harus dihilangkan. Tujuan penelitian ini adalah mengisolasi gen dapD dari genom Escherichia coli kemudian mengkloning pada vektor pGEM-T easy serta menghilangkan situs pemotongan Ndel pada gen dapD. Gen dapD tersebut selanjutnya siap digunakan untuk sistem seleksi auksotrof pada pCAD. Isolasi gen dapD dilakukan dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) kemudian gen dapD disisipkan pada pGEM-T easy untuk membentuk pGEM dap. Plasmid ini dikonfirmasi kebenarannya menggunakan beberapa analisis. Penghilangan situs pemotongan Ndel gen dapD pada pGEM dap dilakukan dengan metode mutagenesis terarah dan hasil mutagenesis dikonfirmasi kebenarannya dengan beberapa analisis. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa gen dapD berhasil diisolasi dan dikloning pada vektor pGEM-T easy serta situs pemotongan Ndel pada gen dapD berhasil dihilangkan. Keduanya telah terkonfirmasi kebenarannya melalui analisis migrasi, analisis pemotongan, analisis PCR, dan penentuan urutan nukleotida.