Perpustakaan Digital ITB

Demam berdarah merupakan penyakit endemik di Indonesia yang disebabkan oleh virus dengue (DENV) dan ditularkan melalui vektor nyamuk Aedes sp. betina. Infeksi DENV menghasilkan gejala awal dengan spektrum luas sehingga diagnosis berdasarkan gejala klinis sulit untuk dilakukan. Oleh karena itu, diperlukan metode diagnosis DENV yang efektif dan akurat untuk penanganan medis serta kontrol outbreak dari virus ini. Pada penelitian ini, dikembangkan uji diagnostik berbasis SYBR green real-time PCR dengan internal control Human RNase P. Untuk mendeteksi DENV, digunakan primer B2 DENV dari hasil penelitian sebelumnya yang mentarget keempat serotipe DENV. Untuk deteksi internal control, dilakukan perancangan sekuens target amplifikasi dari Human RNase P subunit RPP29 dan RPP30 dengan metode multiple sequence alignment pada tiga belas sekuens kromosom 19 dan kromosom 10 dari empat ras manusia. Kemudian, dilakukan optimasi konsentrasi primer DENV dan internal control dengan real-time PCR berbasis SYBR Green. Karakterisasi uji diagnostik dilakukan melalui penentuan linearitas, efisiensi, limit of quantification (LOQ), dan limit of detection (LOD) dengan SYBR green real-time PCR menggunakan fragmen DENV yang disisipkan pada plamid pUC57. Setelah uji diagnostik berhasil dikarakterisasi, dilakukan pengujian ke sampel pasien suspek DENV. Pengujian untuk DENV dan internal control dilakukan secara terpisah (singleplex). Dari hasil penelitian, konsentrasi primer optimum untuk DENV (forward-reverse) adalah 500 nM dan 400 nM serta untuk internal control adalah 400 nM dan 300 nM. Efisiensi reaksi uji diagnostik ini adalah 82.43% dengan R2 = 0.9994 dan memiliki LOQ sebesar 3000 kopi/mL serta LOD 2641 kopi/mL. Hasil yang didapat menujukan uji diagnostik DENV yang dikembangkan dapat mendeteksi target RNA DENV dan RPP29 pada sampel pasien suspek DENV. Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa dalam penelitian ini telah berhasil dirancang dan dikarakterisasi uji diagnostik berbasis SYBR Green real-time PCR dengan internal control RPP29.