Teluk Ambon dibagi menjadi dua bagian, yaitu Teluk Ambon bagian luar (TAL) dan Teluk Ambon bagian dalam (TAD) yang dipisahkan oleh ambang dengan kedalaman 10 m. Adanya ambang tersebut menyebabkan TAL dan TAD memiliki dinamika perairan yang berbeda. Secara umum, dinamika perairan Teluk Ambon dipengaruhi oleh proses upwelling di Laut Banda ketika monsun tenggara. Pada periode tersebut terjadi pertukaran massa air di Teluk Ambon oleh proses tidal upwelling yang membawa massa air dari lapisan kedalaman di TAL ke permukaan dan masuk ke TAD. Proses pertukaran massa air oleh tidal upwelling tersebut dapat dikaji menggunakan model trajektori 3 Dimensi (3D). Model disimulasikan dengan 3 skenario, yaitu simulasi selama 1 siklus pasang surut (pasut), 1 bulan, dan 5 bulan. Hasil model trajektori secara numerik dapat menggambarkan profil garis jejak ketika pasang maupun surut dengan kesalahan rata-rata sebesar 2,32% terhadap analitiknya. Hasil model numerik menunjukkan bahwa dalam 1 siklus pasut perbani dan purnama partikel dominan bergerak ke TAL dibandingkan yang masuk ke TAD. Di setiap bulan selama monsun tenggara (Juni – Oktober) terjadi pengangkatan partikel dari kedalaman 50 – 170 m yang naik ke permukaan dan masuk ke TAD. Pengangkatan partikel paling dangkal terjadi pada bulan Juni yang hanya berasal dari kedalaman 50 m, yang menandakan mulai terjadinya upwelling dan yang paling dalam terjadi pada bulan Agustus dari kedalaman 170 m yang merupakan puncak terjadinya upwelling. Partikel di permukaan TAD dominan bergerak keluar ke TAL baik kondisi pasang maupun surut dimana partikel yang berada dekat ambang akan sulit untuk keluar. Hal ini menunjukkan bahwa sirkulasi di TAD cenderung terisolasi. Hasil simulasi selama 5 bulan (Juni – Oktober 2008) menunjukkan bahwa partikel terkumpul di sisi timur teluk sebesar 53,44%, di sisi barat sebesar 39,69%, dan di tengah ambang sebesar 6,87% setelah 3,5 bulan.