Perpustakaan Digital ITB

COVID-19 adalah penyakit saluran pernafasan yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 dan menyebabkan terjadinya pandemi global hingga saat ini. SARS-CoV-2 memiliki laju mutasi yang tinggi sehingga menyebabkan strategi pengobatan saat ini menjadi tidak efektif karena munculnya varian-varian baru. Salah satu metode yang digunakan untuk mengetahui mutasi pada genom virus adalah dengan melakukan whole genome sequencing (WGS). Laboratorium Kesehatan Jawa Barat telah melakukan sequencing secara massal pada sampel dari berbagai daerah di Jawa Barat. Namun, belum banyak penelitian yang melakukan analisis molekuler secara mendetail pada sampel-sampel tersebut. Telah diketahui bahwa analisis molekuler dapat digunakan untuk memonitor pola mutasi yang terjadi di berbagai sampel SARS-CoV-2. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan analisis molekuler pada sampel-sampel SARS-CoV-2 dari Jawa Barat, khususnya pada sampel varian Omicron yang merupakan salah satu Variant of Concern (VOC) SARS-CoV-2 yang terbaru di dunia dan lebih infeksius dari varian sebelumnya. Sampel sekuens SARS-CoV-2 asal Jawa Barat diambil dari database GISAID pada periode Januari-Februari 2022, lalu dilakukan multiple sequence alignment terhadap sekuens referensi Wuhan-Hu-1. Analisis filogenetik dilakukan menggunakan metode Neighbor-joining. Model protein spike dikonstruksi dengan webserver i-TASSER menggunakan sekuens konsensus untuk varian Omicron, Delta, dan wild-type. Analisis molecular docking dilakukan dengan webserver PRODIGY. Dalam penelitian ini digunakan 342 sampel Omicron, 89 sampel Delta dan 1 sampel wild-type. Hasil penelitian menunjukkan bahwa varian Omicron memiliki laju mutasi yang lebih tinggi secara signifikan dibandingkan dengan varian Delta dan wild-type (p<0.05). Sebagian besar mutasi pada varian Omicron terjadi di gen S, N, dan M. Analisis filogenetik dengan menggunakan whole genome sequence, gen spike, M, dan N menunjukkan bahwa varian Omicron dan Delta masuk ke dalam clade yang berbeda. Analisis filogenetik menggunakan gen N dan M tidak dapat digunakan untuk membedakan sub-varian Omicron yang ada. Mutasi yang terjadi pada protein struktural memiliki kecenderungan untuk menstabilkan struktur protein, sementara mutasi pada bagian non-struktural cenderung dapat mendestabilisasi struktur protein. Analisis molecular docking menunjukkan bahwa Omicron memiliki binding affinity yang lebih tinggi daripada varian Delta. Dari penelitian ini, didapatkan kesimpulan bahwa varian Omicron memiliki laju mutasi yang lebih tinggi serta binding affinity yang lebih tinggi dengan reseptor ACE2, dan profil mutasi yang berbeda dengan varian Delta. Hasil dari penelitian ini diharapkan dapat digunakan untuk mengetahui bagaimana profil mutasi varian Omicron yang terjadi di Jawa Barat, dan sebagai referensi untuk studi genomic surveillance lanjutan baik pada tingkat nasional maupun global.