Perpustakaan Digital ITB

Pandemi COVID-19 telah menjadi masalah global sejak Maret 2020. Penyakit ini disebabkan oleh virus SARS-CoV-2. Meskipun tingkat mortalitas di Indonesia akibat COVID-19 hanya 3,1%, penyakit ini dapat menyebar tanpa menunjukkan simtom sehingga memiliki dampak yang signifikan. Oleh sebab itu, diperlukan vaksin untuk mencegah penyebaran virus. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain vaksin berbasis epitop untuk populasi Indonesia menggunakan pendekatan immunoinformatika. Dalam studi imunoinformatika, strategi berupa langkah mendesain vaksin menjadi penting karena dapat menentukan efisiensi vaksin. Strategi dalam mendesain vaksin diawali dengan mengumpulkan sekuens protein SARS-CoV-2 dan HLA Populasi dari Indonesia, mencari hubungan antar sekuens protein S, memilih sekuens untuk pencarian epitop, memprediksi epitop CD8+ Cytotoxic T-cell Limphocyte (CTL), memprediksi epitop sel T CD4+ Helper T Lymphocyte (HTL), memprediksi jangkauan vaksin untuk populasi Indonesia, memprediksi epitop Sel B, menguji antigenisitas, alergenisitas, toksisitas pada CTL dan HTL, menguji IFN-?, menyusun dan merekayasa kontruksi vaksin, mengukur kestabilan dan memvalidasi struktur vaksin, kemudian menganalisis interaksi dengan TLR-3 dengan molecular docking. Dari penelitian ini, desain vaksin terbaik didapat dari model vaksin Eijkman-1 dengan urutan asam amino MRIHYLLFALLFLFLVPVPGHGGIINTLQKYYCRVRGGRCAVLSCLPKEEQ IGKCSTRGRKCCRRKKEAAAKSPRRARSVAKKWTAGAAAYYGPGPGGIN ITRFQTLLALHRGPGPGCTFEYVSQPFLMDLEGPGPGGQSKRVDFC. Struktur vaksin ini bersifat antigenik, non-alergen, non-toksik, dan mampu menginduksi IFN-? dengan jangkauan populasi sebesar 78,6% di Indonesia. Penggunaan linker yang digunakan mampu mendukung kestabilan struktur vaksin, terutama GPGPG. Adanya adjuvan ?-defensin menambah jumlah pengikatan dengan TLR-3. Desain vaksin ini dapat dianalisis dan dieksplorasi lebih lanjut untuk mengembangkan vaksin berbasis epitop dalam rangka mencegah penyebaran virus SARS-CoV-2.