Berbagai ancaman seperti penangkapan berlebih, fragmentasi habitat, penurunan kualitas air, dan kontaminasi parasit telah berdampak pada penurunan populasi sidat di wilayah subtropis. Kondisi yang sama dapat terjadi pada ikan sidat di wilayah tropis seperti Indonesia, jika tidak dilakukan strategi pengelolaan yang tepat terhadap sumberdaya ikan sidat dan habitatnya. Informasi tentang habitat yang disukai ikan sidat dalam menjalani siklus hidupnya sangat penting. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui preferensi habitat ikan sidat di Sungai Cikaso, Kabupaten Sukabumi, Jawa Barat yang merupakan salah satu alur ruaya ikan sidat di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui preferensi habitat ikan sidat di Sungai Cikaso, Kabupaten Sukabumi, Jawa Barat yang merupakan salah satu alur ruaya ikan sidat di Indonesia. Penelitian dilakukan di 19 stasiun penelitian yang terletak di aliran utama (12 stasiun) dan Situ Ciroyom (7 stasiun) sebagai bagian dari sistem Sungai Cikaso pada bulan Januari-Desember 2020. Sampel ikan sidat didapatkan dengan menggunakan beberapa jenis alat tangkap seperti sirib, bubu, dan pancing. Ikan sidat diidentifikasi, kemudian diukur panjang (cm) dan beratnya (gram). Isi lambung ikan sidat (kecuali glass eel) diamati untuk diketahui komposisi makanannya. Pengamatan kondisi lingkungan, pengukuran paramater perairan dan parameter substrat dasar dilakukan di setiap lokasi penelitian. Analisis yang dilakukan pada penelitian ini meliputi (i) principal component analysis (PCA) untuk mengetahui karakteristik habitat dari masing-masing lokasi penelitian menggunakan program Paleontological Statistics (PAST) 4.01, (ii) analisis pengelompokan (dendrogram) habitat dan waktu penelitian menggunakan algoritma Euclidean unwight pair group method with arithmetic average (UPGMA) dalam program PAST 4.01, dan (iii) analisis nodul (indeks constancy dan fidelity) untuk mengetahui preferensi ikan sidat terhadap habitatnya. Tiga spesies/subspesies ikan sidat dari 340 ekor stadium glass eel, 9 ekor stadium elver, dan 90 ekor stadium yellow eel ditemukan selama penelitian berlangsung, yaitu Anguilla bicolor bicolor, A. marmorata dan A. bengalensis bengalensis. Terdapat tiga kelompok lokasi penelitian yang memiliki kemiripan karakteristik kondisi lingkungan, sehingga diasumsikan ada tiga kelompok habitat dari 19 stasiun penelitian. Habitat 1 berada di aliran utama Sungai Cikaso (stasiun 1-12), yang dicirikan dengan arus air yang kuat, perairan yang lebih dalam, oksigen terlarut yang tinggi, air yang lebih keruh, dan substrat yang didominasi tekstur pasir. Habitat 2 (Stasiun 13-18) berada di saluran parit area rawa pesisir yang banyak ditumbuhi tanaman riparian, memiliki nilai konduktivitas, dan padatan terlarut total yang tinggi, rentang salinitas yang luas, serta tekstur tanah yang didominasi oleh tekstur liat. Habitat 3 (Stasiun 19) berada di genangan utama Situ Ciroyom dengan parameter yang menjadi penciri utama adalah konsentrasi sulfat, ammonium, dan posfat yang tinggi. Hasil analisis preferensi habitat yang dilakukan untuk jenis sidat yang dominan yaitu A. bicolor bicolor menunjukkan bahwa ikan sidat dapat hidup pada berbagai kondisi lingkungan tetapi memiliki preferensi habitat pada stadium tertentu. Stadium glass eel dan elver memilih aliran utama sungai Cikaso, sebagai alur ruaya. Stadium yellow eel lebih menyukai habitat perairan payau yang berada di saluran parit rawa pesisir Situ Ciroyom (Habitat 2), yang dibuktikan dengan kelimpahan dan jumlah kehadiran stadium yellow eel yang lebih banyak. Lokasi ini lebih disukai karena memiliki rentang salinitas yang lebih luas, perairan yang tenang, tidak terlalu keruh, dan relatif dangkal. Keberadaan tanaman air dan vegetasi mangrove juga menyediakan sumber makanan bagi stadium yellow eel. Tutupan vegetasi air, tipe substrat dan kontur habitat berupa saluran-saluran juga menjadikan area rawa pesisir sebagai tempat berlindung bagi ikan sidat dari ancaman predator dan pergerakan arus yang kuat. Kondisi ini mengindikasikan area rawa pesisir sebagai daerah asuhan dan mencari makan bagi ikan sidat A. bicolor bicolor. Pemahaman yang lebih baik tentang preferensi habitat ikan sidat dapat memberikan kontribusi dalam upaya pengelolaan ikan sidat agar tetap lestari, salah satunya dengan menjadikan kawasan asuhan sebagai suaka perikanan.