Teluk Ambon merupakan perairan yang terdiri atas Teluk Ambon Dalam (TAD) dan Teluk Ambon Luar (TAL) yang dibatasi oleh ambang sempit dan dangkal. Fenomena yang sering terjadi di Teluk Ambon adalah peristiwa ledakan alga beracun yang disebabkan oleh perubahan kondisi fisis berupa temperatur dan salinitas serta ketersedian nutrisi yang berlebihan. Kondisi ekosistem di Teluk Ambon sangat dinamis karena topografi semi tertutup dan batimetri yang dangkal. Selain itu, perairan TAL yang langsung berbatasan dengan Laut Banda mempengaruhi kondisi hidrodinamika dan ekosistem di Teluk Ambon.
Simulasi model menggunakan skenario 1 yang bergantung pada nilai awal dan kondisi batas, sementara skenario 2 memperhitungkan adanya masukan panas dari atmosfer. Hasil simulasi hidrodinamika menggunakan skenario 1 menunjukkan nilai RMSE untuk elevasi pasut sebesar 10,5 cm dan koefisien korelasi sebesar 94,4 %, sedangkan pada skenario 2 menunjukkan RMSE untuk elevasi pasut bernilai 11,5 cm dengan koefisien korelasi sebesar 94,3 %. Distribusi temperatur pada skenario 1 lebih rendah namun memiliki pola yang hampir sama dengan data temperatur permukaan citra satelit. Hasil simulasi model menggunakan skenario 2 dengan memperhitungkan pengaruh masukan panas dari atmosfer menghasilkan temperatur dengan rentang yang sama dengan hasil citra satelit, namun ada perbedaan pola distribusi temperatur tinggi bergerak dari Selat Manipa ke bawah menuju Laut Banda. Perbedaan hasil secara fisis dan kondisi arus menggunakan skenario 1 dan 2 mempengaruhi distrubusi NPZD di Teluk Ambon. Simulasi model menunjukkan nilai konsentrasi NPZD dipengaruhi oleh kondisi fisis dan hidrodinamika. Ketika pasang arus akan bergerak dari TAL menuju TAD membawa massa air yang lebih dingin dengan salinitas tinggi dan kaya nutrien. Saat kondisi surut menunjukkan arus bergerak keluar TAD menuju TAL, namun sebagian massa air dan NPZD akan tertinggal di dasar TAD dan dekat sill.