Perpustakaan Digital ITB

Superoksida dismutase mangan Staphylococcus equorum rekombinan (rMnSODSeq) adalah enzim yang berfungsi mengkatalisis proses perubahan radikal superoksida (ROS) menjadi spesi oksigen yang lebih stabil. rMnSODSeq memiliki aktifitas katalitik yang baik dan stabil pada rentang pH dan suhu yang lebar namun stabilitasnya rendah terhadap paparan sinar UVC. Pembentukan dimer melalui interaksi pada permukaan monomer rMnSODSeq diprediksi mampu meningkatkan stabilitas SOD terhadap paparan UVC. Penelitian ini bertujuan untuk meningkatkan stabilitas rMnSODSeq terhadap UVC melalui peningkatan interaksi antar monomer di daerah antarmuka dimer. Penelitian diawali dengan perancangan interaksi di daerah antarmuka dimer secara in silico melalui penentuan kandidat asam amino berdasarkan pensejajaran sekuen. Kandidat asam amino ini kemudian disubstitusi menggunakan program COOT. Kriteria asam amino yang dipilih untuk disubstitusi yaitu tidak termasuk di daerah lestari, jaraknya cukup jauh dari pusat aktif, berada di daerah antarmuka dimer, dan jarak antar rantai samping asam amino setelah disubstitusi cukup dekat. Berdasarkan studi awal, dilakukan substitusi lisin pada urutan ke-38 menjadi arginin (K38R) dan alanin pada urutan ke-121 menjadi glutamat (A121E). Sebagai alternatif, alanin tersebut juga disubstitusi menjadi tirosin (A121Y). Mutasi dilakukan pada tingkat DNA menggunakan mutagenesis situs terarah dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Substitusi AAA-38- AGA (K38R) pada plasmid pJExpress414_sod dilakukan terlebih dahulu kemudian produk hasilnya dijadikan cetakan substitusi GCA-121-GAA (A121E) dan GCA-121-TAT (A121Y) yang dikerjakan terpisah secara paralel. Produk PCR hasil substitusi ditransformasi ke dalam Eschericia coli TOP10 dan dikonfirmasi melalui skrining transforman, analisis restriksi, serta sekuensing DNA. Substitusi K38R-A121E telah berhasil dilakukan sedangkan substitusi K38R-A121Y belum tercapai diduga akibat terjadinya hibridisasi silang pada saat penempelan primer mutagenik selama PCR berlangsung.