Salah satu variabel berubah yang dapat memengaruhi karakteristik DAS dan
hidrologi DAS tersebut adalah perubahan tata guna lahan. Pertumbuhan wilayah hulu,
tengah, dan hilir DAS Ciliwung di berbagai sektor baik dari Bogor, Depok, hingga
Jakarta sangat memengaruhi kondisi tata guna lahan DAS Ciliwung. Jakarta sebagai
ibukota Negara Indonesia sekaligus wilayah hilir DAS Ciliwung terpapar
pertumbuhan perekonomian yang paling siginifikan. Pertumbuhan ekonomi tersebut
menjadi daya tarik urban dan investor sehingga terjadi peningkatan kebutuhan
infrastruktur seperti permukiman dan perkantoran. Peningkatan kebutuhan ini yang
melatarbelakangi perubahan fungsi lahan dari lahan kosong menjadi permukiman,
atau contoh lainnya hutan menjadi perkantoran. Perubahan tata guna lahan tersebut
membuat kemampuan daya resap air limpasan menurun dan meningkatkan
kemungkinan terjadinya banjir atau kenaikan debit limpasan.
Pemodelan rainfall run off menggunakan MIKE SHE akan merepresentasikan
pengaruh tutupan lahan terhadap limpasan di DAS Ciliwung wilayah hilir pada tahun
2002 yang hasilnya dikalibrasi dan divalidasi dengan debit di Stasiun Pengamatan
Pintu Air Manggarai. Luas tutupan lahan, koefisien aliran, koefisien Manning, dan
indeks infiltrasi menjadi tiga parameter utama dalam pemodelan rainfall run off.