Data yang terekam pada proses akuisi data geofosika tidaklah murni dari respon material bawah permukaan namun juga terdapat gangguan (noise) dari sumber lain yang dapat menyebabkan menurunnya kualitas data yang didapatkan. Gangguan pada data terbagi menjadi gangguan periodik dan sporadik. Pada penelitian ini dilakukan beberapa tahapan untuk menekan kedua jenis gangguan tersebut yang terbagi menjadi tiga tahap yaitu prestack, selective stacking, dan poststack yang telah dimodifikasi.
Berdasarkan pengolahan data yang dilakukan pada data sintetik dan data magnetotelurik (MT), gangguan periodik dapat ditangani dengan megaplikasikan recursive filter dan gangguan sporadik dapat ditangani pada tahap selective stacking. Pada penelitian ini digunakan empat pendekatan yang berbeda pada tahap selective stacking. Pendekatan pertama berupa proses perata-rataan yang menghasilkan eror RMS sebesar 2,15, pendekatan kedua berupa median yang menghasilkan eror RMS sebesar 0,57, pendekatan ketiga yaitu symetric rejection yang menghasilkan eror RMS sebesar 0,53, dan cara terakhir yaitu pendekatan M-estimation yang menghasilkan eror RMS dengan nilai paling kecil yaitu 0,49. Hasil penerapan tahapan selective stacking pada data MT menunjukan bahwa estimasi rata-rata resistivitas semu mengahasilkan kurva resistivitas semu dan fasa yang lebih smooth dibandingkan dengan estimasi parameter impedansi ataupun pengoalahan dengan menggunkan software.