Perpustakaan Digital ITB

Mekanisme folding pada protein merupakan masalah yang penting dalam bidang kimia, khususnya bidang biokimia. Dengan mengetahui mekanisme folding pada protein, kita bisa mengetahui bagaimana native conformation protein tersebut dapat terbentuk dan juga mengetahui bagaimana struktur protein tersebut dalam keadaan stabilnya. Pada penelitian ini dilakukan simulasi proses unfolding domain B enzim Protein Disulfide Isomerase (PDI) pada manusia di dalam Urea 8 M pada suhu 500 K. Tujuan dari simulasi ini adalah untuk menentukan mekanisme unfolding enzim tersebut. Hasil simulasi yang telah dilakukan menunjukkan bahwa mekanisme unfolding domain B PDI manusia merupakan proses Two-state Transition. Hasil tersebut serupa dengan hasil eksperimen yang sudah pernah dilakukan sebelumnya, sehingga simulasi ini memiliki hasil yang valid. Analisis lebih lanjut menunjukkan bahwa mekanisme folding domain B PDI manusia mengikuti model Nucleation Condensation. Jadi hasil simulasi pada penelitian ini dapat memberi suatu pencerahan kepada proses folding PDI dalam skala molekul.