Perpustakaan Digital ITB

Phytophthora capsici merupakan patogen oomiset yang menyerang berbagai tanaman hortikultura, termasuk cabai (Capsicum annuum) yang menimbulkan penyakit dengan tingkat kerusakan yang tinggi. Virulensi P. capsici dipengaruhi salah satunya oleh protein efektor, RXLR242 yang memfasilitasi keberhasilan infeksi dengan mengganggu transportasi protein pertahanan tanaman. Upaya pengendalian melalui biopestisida berbasis aplikasi RNA pendek rantai ganda (dsRNA) untuk memicu respon RNA interference (RNAi) menjadi strategi potensial yang ramah lingkungan dan spesifik terhadap patogen. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi efektivitas dsRNA yang menarget gen RXLR242 dalam menghambat ekspresi gen tersebut. dsRNA dirancang untuk mengenali basa 1-300 pada mRNA gen RXLR242 yang mengkode domain pengikat protein inang. Fragmen cetakan dsRNA RXLR242 sepanjang 300 bp yang sudah dirangkai dengan promotor T7 pada kedua sisinya dikonstruksi ke dalam plasmid pBluescript KS II (+) dan ditransformasikan ke Escherichia coli DH5?. Fragmen tersebut kemudian diamplifikasi terspisah untuk menghasilkan cetakan transkripsi in vitro dengan arah sense-dan antisense, menghasilkan RNA rantai tunggal (ssRNA). Dilakukan proses annealing dari kedua ssRNA tersebut untuk menghasilkan dsRNA RXLR242. Sebanyak 30 ?L dsRNA (750 ng) diaplikasikan setiap 12 jam selama lima hari ke kultur aktif P. capsici. Evaluasi dilakukan melalui analisis pertumbuhan koloni serta kuantifikasi ekspresi gen target dengan RT-qPCR, mencakup isolasi RNA total, sintesis cDNA, dan amplifikasi kuantitatif berbasis SYBR Green. Hasil menunjukkan bahwa meskipun aplikasi dsRNA tidak memberikan efek signifikan terhadap penghambatan pertumbuhan koloni P. capsici dibandingkan kontrol, namun terjadi penurunan ekspresi gen RXLR242 sebagaimana ditunjukkan oleh nilai fold change dalam analisis qPCR. Detached leaf assay dilakukan untuk meninjau pengaruh aplikasi dsRNA terhadap ketahanan inang menghadapi infeksi patogen. Konsentrasi dsRNA 500 ng/30?L, 750 ng/30?L, dan 1000 ng/30?L diaplikasikan pada daun berbeda dan dilakukan analisis ekspesi gen RXLR242. Tren penurunan ekspresi dari keseluruhan konsentrasi menunjukkan bahwa mekanisme pembungkaman gen melalui RNAi dapat terjadi meskipun belum memengaruhi pertumbuhan patogen. Hasil ini menjadi dasar untuk pengembangan formulasi dengan konsentrasi dan metode aplikasi yang lebih optimal, termasuk pemanfaatan teknologi penghantaran seperti enkapsulasi atau nanopartikel, guna meningkatkan stabilitas dan efektivitas di lapangan.