Artikel Terbaru

KAJIAN AWAL APTAMER SEBAGAI BIORESEPTOR UNTUK DETEKSI PROTEIN SPIKE SARS-COV-2

Oleh   Yunus Aji Lumintang [11617002]
Kontributor / Dosen Pembimbing : Dr. apt. Aluicia Anita Artarini, S.Si., M.Sc.;apt. Anindyajati, S.Farm., M.Si.;; Dr. Wangsa Tirta Ismaya
Jenis Koleksi : S1-Tugas Akhir
Penerbit : SF - Farmasi Klinik dan Masyarakat
Fakultas : Sekolah Farmasi (SF)
Subjek :
Kata Kunci : Aptamer, in silico, modifikasi, protein spike, studi kelayakan
Sumber :
Staf Input/Edit : yana mulyana  
File : 1 file
Tanggal Input : 2021-09-29 06:54:10

SARS-CoV-2 merupakan galur baru virus korona yang menyebabkan pandemi sejak awal 2020. Penyebaran virus ini sulit dikendalikan dan sistem deteksi yang tangguh saat ini berbasis teknik qPCR. Keterbatasan aplikasi qPCR dalam skala besar membuat kit diagnostik non-PCR turut memegang peran penting dalam proses pelacakan kontak. Aptamer berpotensi untuk dijadikan sebagai bioreseptor dalam kit diagnostik non-PCR karena mampu berikatan secara spesifik dengan antigen layaknya antibodi. Penelitian ini merupakan kajian awal potensi aptamer untuk deteksi protein spike SARS-CoV-2. Sekuen aptamer yang telah dilaporkan mampu berinteraksi dengan receptor binding domain (RBD) protein spike dijadikan sebagai pemandu. Aptamer pemandu dimodifikasi untuk menghasilkan sekuen aptamer baru yang diharapkan memberikan informasi karakteristiknya. Aptamer-aptamer ini dikaji secara in silico melalui prediksi struktur 2D dan 3D, simulasi penambatan molekul, serta studi kelayakan. Lima dari enam aptamer termodifikasi berhasil mempertahankan struktur 2D aptamer pemandu. Aptamer 1C-RNA M1-M3 memiliki orientasi penempelan yang konsisten dengan hasil penelitian sebelumnya dan interaksinya secara kualitatif dapat dikatakan setara. Aptamer 1C-RNA M5-M6 menunjukkan kemungkinan mode penempelan lain terhadap bagian RBD protein spike. Pada studi kelayakan terhadap trimer protein spike, aptamer 1C-RNA M1, M2, M3, dan M5 diprediksi tidak bertabrakan dengan monomer spike lain, sedangkan aptamer 1C-RNA M6 diprediksi mengalami tabrakan minor. Seluruh aptamer termodifikasi tidak mengalami perubahan struktur 2D setelah penambahan poli-A pada ujung 3’. Berdasarkan hasil kajian ini, lima aptamer termodifikasi dapat direkomendasikan untuk uji in vitro.