SARS-CoV-2 merupakan galur baru virus korona yang menyebabkan pandemi sejak awal 2020.
Penyebaran virus ini sulit dikendalikan dan sistem deteksi yang tangguh saat ini berbasis teknik
qPCR. Keterbatasan aplikasi qPCR dalam skala besar membuat kit diagnostik non-PCR turut
memegang peran penting dalam proses pelacakan kontak. Aptamer berpotensi untuk dijadikan
sebagai bioreseptor dalam kit diagnostik non-PCR karena mampu berikatan secara spesifik dengan
antigen layaknya antibodi. Penelitian ini merupakan kajian awal potensi aptamer untuk deteksi
protein spike SARS-CoV-2. Sekuen aptamer yang telah dilaporkan mampu berinteraksi dengan
receptor binding domain (RBD) protein spike dijadikan sebagai pemandu. Aptamer pemandu
dimodifikasi untuk menghasilkan sekuen aptamer baru yang diharapkan memberikan informasi
karakteristiknya. Aptamer-aptamer ini dikaji secara in silico melalui prediksi struktur 2D dan 3D,
simulasi penambatan molekul, serta studi kelayakan. Lima dari enam aptamer termodifikasi
berhasil mempertahankan struktur 2D aptamer pemandu. Aptamer 1C-RNA M1-M3 memiliki
orientasi penempelan yang konsisten dengan hasil penelitian sebelumnya dan interaksinya secara
kualitatif dapat dikatakan setara. Aptamer 1C-RNA M5-M6 menunjukkan kemungkinan mode
penempelan lain terhadap bagian RBD protein spike. Pada studi kelayakan terhadap trimer protein
spike, aptamer 1C-RNA M1, M2, M3, dan M5 diprediksi tidak bertabrakan dengan monomer spike
lain, sedangkan aptamer 1C-RNA M6 diprediksi mengalami tabrakan minor. Seluruh aptamer
termodifikasi tidak mengalami perubahan struktur 2D setelah penambahan poli-A pada ujung 3’.
Berdasarkan hasil kajian ini, lima aptamer termodifikasi dapat direkomendasikan untuk uji in vitro.