Article Details

STUDI INTERAKSI DAN PREDIKSI TOKSISITAS BEBERAPA SENYAWA BAHAN ALAM TERHADAP PROTEIN VIRUS SARS-COV-2 SECARA IN SILICO

Oleh   Dinda Siti Raisha [10716069]
Kontributor / Dosen Pembimbing : Dr. rer. nat. Sophi Damayanti, M.Si., Apt.;
Jenis Koleksi : S1-Tugas Akhir
Penerbit : SF - Sains dan Teknologi Farmasi
Fakultas : Sekolah Farmasi (SF)
Subjek :
Kata Kunci : COVID-19, SARS-CoV-2, penambatan molekul, alisin, anetol, asam klorogenat, emodin, eugenol, gingerol, hesperidin, kaempferol, kapsaisin, dan xanton, toksisitas
Sumber :
Staf Input/Edit : yana mulyana  
File : 1 file
Tanggal Input : 2020-09-25 14:27:11

COVID-19 adalah penyakit yang mewabah mulai pada akhir Desember 2019 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2. Menurut WHO, hingga April 2020 masih belum ada pengobatan yang spesifik tetapi digunakan obat remdesivir, ribavirin, dan umifenovir berdasarkan pengalaman terapi penyakit ini di Tiongkok. Terdapat senyawa tumbuhan yang digunakan sebagai antivirus yaitu senyawa alisin, anetol, asam klorogenat, emodin, eugenol, gingerol, hesperidin, kaempferol, kapsaisin, dan xanton. Studi interaksi senyawa bahan alam tersebut terhadap protein virus SARS-CoV-2 melalui penambatan molekul. Penambatan molekul dilakukan terhadap protein main protease SARS-CoV2 (PDB ID: 6LU7), endoribonuklease NSP15 (PDB ID: 6WLC), dan makrodomain NSP3 (PDB: 6YWM). Struktur 3D senyawa bahan alam digambar menggunakan GaussView dan dioptimasi dengan Gaussian 09W. Kemudian dilakukan penambatan molekul menggunakan AutoDockTools. Senyawa yang dapat berinteraksi dengan protein kemudian dianalisis toksisitasnya menggunakan ECOSAR. Dari hasil toksisitas ECOSAR serta didukung juga dengan data toksisitas dari ADMET Predictor, senyawa yang memiliki toksisitas paling rendah dianalisis interaksinya dan dibandingkan dengan interaksi ligan asalnya. Senyawa yang memiliki energi ikatan lebih rendah dari senyawa pembanding dan memiliki toksisitas paling rendah adalah gingerol untuk protein main protease yaitu sebesar -6,69 kkal/mol dan NSP15 sebesar -4,10 kkal/mol dan eugenol untuk protein NSP3 sebesar -4,92 kkal/mol.