Perpustakaan Digital ITB

Hampir 15 sampai 25% dari kasus kanker payudara diakibatkan ekspresi berlebih protein HER2. HER2 adalah protein pada permukaan sel yang bertugas sebagai jalur masuk sinyal ke dalam sel dan aktif bekerja jika membentuk formasi dimer. Tidak seperti HER1, HER3, dan HER4 yang aktivitasnya dipengaruhi oleh ligan, HER2 dapat beraktivitas tanpa pengaruh ligan. Pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekuler untuk mengetahui efek penambahan dimer terhadap TMD dan JMA model protein HER2 pada keadaan hidrasi menggunakan metode coarse-grained (CG). Terdapat empat model HER2 yang digunakan yaitu model 1-dimer, model 2-dimer, model 3-dimer, dan model 4-dimer. Hasil simulasi menunjukkan bahwa perbedaan jumlah dimer mempengaruhi interaksi TMD dan JMA. Selanjutnya stabilitas setiap model pada keadaan hidrasi dibandingkan dengan stabilitas pada keadaan vakum dengan analisis energi bebas menggunakan metode Free Energy Perturbation (FEP). Hasil perhitungan menunjukkan bahwa energi bebas protein terhidrasi untuk seluruh model lebih kecil dibanding energi bebas protein dalam keadaan vakum.