Article Details

DETEKSI MUTASI GEN GLOBIN BETA DARI DNA CELL-FREE FETAL (CFF-DNA) PLASMA IBU HAMIL DENGAN PYROSEQUENCING (PENGEMBANGAN DIAGNOSIS PRENATAL TALASEMIA BETA)

Oleh   Nurul Setia Rahayu [20618016]
Kontributor / Dosen Pembimbing : Azzania Fibriani, S.Si., M.Si., Ph.D.;
Jenis Koleksi : S2 - Tesis
Penerbit : Biologi
Fakultas : Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati (SITH)
Subjek : Life sciences ; biology
Kata Kunci : alasemia beta, diagnosis prenatal noninvasive, DNA cell free fetal, pyrosequencing
Sumber :
Staf Input/Edit : Alice Diniarti   Ena Sukmana
File : 1 file
Tanggal Input : 2020-08-27 14:15:16

Talasemia beta adalah penyakit kelainan darah herediter akibat adanya mutasi gen globin beta yang menyebabkan penurunan atau ketidakhadiran rantai globin beta pembentuk hemoglobin A. Ada tiga jenis mutasi gen globin beta yang paling umum di Indonesia yaitu IVS1nt5 (G>C), Cd26 (G>A), dan IVS1nt1 (G>T). Salah satu tindakan preventif talasemia adalah dengan melakukan tes diagnosis prenatal pada ibu hamil. Tujuan penelitian ini adalah melakukan optimasi pada pemeriksaan diagnosis prenatal noninvasif yaitu dengan mengambil sampel DNA dari plasma darah ibu hamil (cff DNA) dan juga deteksi mutasi dengan metoda Allele Quantification (AQ) Assay Pyrosequencing, dimana metode ini belum pernah dilakukan sebelumnya pada talasemia. Jumlah sampel pada penelitian ini adalah 16 sampel kontrol positif berupa DNA penderita talasemia Beta yang telah diketahui jenis mutasinya, 14 sampel DNA dari darah ibu dan bapak penderita talasemia dan 10 sampel cff-DNA ibu dari penderita talasemia yang sedang hamil. Tahapan pemeriksaan yang dilakukan adalah isolasi cff-DNA dari plasma, lalu tes kontaminasi maternal dengan PCR Variable Number Tandem Repeat (VNTR) pada lokus ApoB dan D1S80, kemudian deteksi mutasi dengan AQ Assay Pyrosequencing. Hasil pemeriksaan, dari 10 sampel cff-DNA yang lulus uji kontaminasi maternal ada 7 sampel, yang selanjutnya akan dilakukan deteksi mutasi talasemia beta. Berdasarkan hasil AQ assay pyrosequencing pada kontrol positif diketahui bahwa nilai ambang batas persentase tiap alel mutan adalah A (32%), T (23%), dan C (39%). Prediksi jenis mutasi berdasarkan nilai ambang batas tersebut adalah semua sampel orang tua merupakan pembawa mutasi talasemia beta IVS1nt5, terdapat 6 sampel janin diprediksi pembawa IVS1nt5, sedangkan 1 sampel diprediksi normal. Kesimpulan dari penelitian ini adalah pemeriksaan diagnosis prenatal untuk deteksi mutasi talasemia beta melalui sampel cff-DNA dapat dilakukan dengan metoda AQ assay pyrosequencing dengan nilai ambang batas minimal untuk alel mutan pada jenis mutasi Cd26 (alel A : 32%), IVS1nt1 (alel T : 23%), dan IVS1nt5 (alel C : 39%).