Perpustakaan Digital ITB

Kedelai hitam (Glycine max (L.) Merr.) merupakan tanaman komoditas bernilai tinggi karena fleksibilitas penggunaannya di bidang pangan, kesehatan dan energi. Pemuliaan secara komprehensif terhadap tanaman ini dapat memberikan manfaat yang akan mencakup berbagai bidang kebutuhan manusia secara bersamaan. Pada penelitian ini, analisis transkiptomik terhadap kedua galur lokal kedelai hitam (Glycine max (L.) Merr.) beserta anakan anakan F4 yang dihasilkan dari persilangan resiprokal antara keduanya dilakukan untuk mengungkap potensi dari hybrid yang dihasilkan dari persilangan serta pengaruh indukan betina yang digunakan dalam persilangan. Empat kelompok data dengan tiga replikat biologis masing-masing digunakan sebagai sampel penelitian. Data sekuens hasil sekuensing RNA dari sampel didapat dari penelitian sebelumnya (Sumardi dkk., 2019). Tahap analisis data yang dilakukan, yaitu uji kualitas data, pra-proses data, read alignment, read quantification, analisis diferensial ekspresi gen, dan visualisasi data. Hasil uji kualitas data sesudah pra-proses menunjukkan kualitas data yang baik, dengan jumlah bacaan berkisar diantara 23,7-3,4 juta bacaan dan phred score dalam rentang 34-36, sementara statistik hasil pemetaan sekuens menunjukkan nilai proporsi pemetaan berada pada kisaran 97,7-98,7% dengan pemetaan unik sebesar 91,9-94%. Principal component analysis (PCA) menunjukkan dua gen dengan pengaruh paling signifikan berdasarkan kedua principal component, yaitu LOC100775188 & LOC100798239. Keduanya ditemukan berperan dalam respon tanaman terhadap cekaman biotik/abiotik. Fungsi serupa ditunjukkan dari gen dengan jumlah bacaan tertinggi yang diekspresikan secara unik dari masing-masing kelompok data, berdasarkan visualisasi diagram venn. Analisis diferensial (q-value ? 0,05 & Log2FC ? |2|) dari keenam skenario perbandingan antar kelompok data menunjukkan sebelas temuan gen yang diekspresikan secara berbeda, yang terdiri atas empat gen yang berbeda, yaitu LOC102670366, LOC102664051, LOC100816226, and LOC121172865, yang hanya ditemukan pada kelompok data Parental1 dan Filial4-1. Kesimpulan dari penelitian ini, yaitu visualisasi data read count dan analisis diferensial menunjukkan diferensiasi antara kelompok data parental dan filial berdasarkan profil ekspresi gen, dengan beberapa gen, secara spesifik gen yang berperan dalam tumbuh-kembang tanaman dan dalam respon tanaman terhadap cekaman biotik/abiotik, menunjukkan diferensiasi yang lebih jelas antara kedua kelompok data tersebut. Peningkatan relatif regulasi gen LOC102670366, LOC102664051, LOC100816226, dan LOC121172865 ditemukan hanya pada kelompok data Parental1 dan Filial4-1. Hal tersebut mengindikasikan pola pewarisan karakter yang dipengaruhi oleh indukan betina yang digunakan pada persilangan.