digilib@itb.ac.id +62 812 2508 8800

ABSTRAK Muhammad Akip Poapa
PUBLIC Alice Diniarti

Long non-coding RNA adalah salah satu jenis RNA yang tidak mengkodekan protein. Ciri dari transkrip ini berupa ukuran lebih dari 200 nukleotida, tidak memiliki open reading frame, serta tidak memiliki potensi untuk ditranslasikan menjadi protein. lncRNA dapat meregulasi ekspresi gen dengan berikatan dengan miRNA, menyebabkan miRNA tidak dapat berikatan pada target mRNA, mekanisme ini dikenal dengan istilah miRNA sponge. Penelitian terkait fungsi lncRNA dalam pematangan buah pisang belum pernah dilakukan terlepas dari besarnya pengaruh komoditas ini pada angka ekspor buah di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi lncRNA yang ditranskripsikan pada kondisi pematangan yang terhambat akibat penyalutan kitosan dan memvalidasi fungsi lncRNA tersebut sebagai competing endogenous dari miRNA-mRNA dengan menggunakan metode qPCR. Pada penelitian ini digunakan data transkriptomik Musa acuminata cv. Cavendish pada kondisi mentah dan matang serta dilakukan penyalutan kitosan yang bertujuan untuk menghambat pematangan pisang sehingga didapatkan data lncRNA yang terekspresi pada saat pematangan berlangsung normal dan dihambat. Selanjutnya digunakan PsRobot untuk memprediksi interaksi antara lncRNA dan miRNA. Hasil prediksi kemudian dikonfirmasi dengan menggunakan qPCR. Sebanyak 65710 lncRNA berhasil teridentifikasi, dan sebanyak 6 lncRNA diprediksi berinteraksi dengan miRNA lncRNA_00266745, lncRNA_00307579, lncRNA_00278214, lncRNA_00113430, lncRNA_00305751. Kelima lncRNA tersebut diprediksi berinteraksi dengan tiga miRNA yaitu, mac-miR156a, mac-miR160b, macmiR166a. Interaksi antara miRNA dan lncRNA tersebut berperan dalam regulasi ekspresi gen-gen lain di antaranya adalah SPL17, PME, endo-1,3-betaglucosidase yang merupakan gen-gen yang memiliki peran dalam proses pematangan buah pisang. Hasil validasi dengan qPCR didapatkan bahwa dari 3 interaksi yang diprediksi, interaksi antara lncRNA_00307579, mac-miR166a dan gen endo-1,3-beta-glucosidase memiliki nilai koefisien korelasi mendekati >0.8 yang mengindikasikan bahwa terjadi interaksi tidak langsung akibat mekanisme kerja lncRNA sebagai miRNA sponge atau competing endogenous RNA.