Long non-coding RNA adalah salah satu jenis RNA yang tidak mengkodekan
protein. Ciri dari transkrip ini berupa ukuran lebih dari 200 nukleotida, tidak
memiliki open reading frame, serta tidak memiliki potensi untuk ditranslasikan
menjadi protein. lncRNA dapat meregulasi ekspresi gen dengan berikatan dengan
miRNA, menyebabkan miRNA tidak dapat berikatan pada target mRNA,
mekanisme ini dikenal dengan istilah miRNA sponge. Penelitian terkait fungsi
lncRNA dalam pematangan buah pisang belum pernah dilakukan terlepas dari
besarnya pengaruh komoditas ini pada angka ekspor buah di Indonesia. Penelitian
ini bertujuan untuk mengidentifikasi lncRNA yang ditranskripsikan pada kondisi
pematangan yang terhambat akibat penyalutan kitosan dan memvalidasi fungsi
lncRNA tersebut sebagai competing endogenous dari miRNA-mRNA dengan
menggunakan metode qPCR. Pada penelitian ini digunakan data transkriptomik
Musa acuminata cv. Cavendish pada kondisi mentah dan matang serta dilakukan
penyalutan kitosan yang bertujuan untuk menghambat pematangan pisang
sehingga didapatkan data lncRNA yang terekspresi pada saat pematangan
berlangsung normal dan dihambat. Selanjutnya digunakan PsRobot untuk
memprediksi interaksi antara lncRNA dan miRNA. Hasil prediksi kemudian
dikonfirmasi dengan menggunakan qPCR. Sebanyak 65710 lncRNA berhasil
teridentifikasi, dan sebanyak 6 lncRNA diprediksi berinteraksi dengan miRNA
lncRNA_00266745, lncRNA_00307579, lncRNA_00278214,
lncRNA_00113430, lncRNA_00305751. Kelima lncRNA tersebut diprediksi
berinteraksi dengan tiga miRNA yaitu, mac-miR156a, mac-miR160b, macmiR166a.
Interaksi antara miRNA dan lncRNA tersebut berperan dalam regulasi
ekspresi gen-gen lain di antaranya adalah SPL17, PME, endo-1,3-betaglucosidase
yang merupakan gen-gen yang memiliki peran dalam proses
pematangan buah pisang. Hasil validasi dengan qPCR didapatkan bahwa dari 3
interaksi yang diprediksi, interaksi antara lncRNA_00307579, mac-miR166a dan
gen endo-1,3-beta-glucosidase memiliki nilai koefisien korelasi mendekati >0.8
yang mengindikasikan bahwa terjadi interaksi tidak langsung akibat mekanisme
kerja lncRNA sebagai miRNA sponge atau competing endogenous RNA.