Perpustakaan Digital ITB

Tanaman pisang dapat diklasifikasikan menjadi 4 kelompok berdasarkan komposisi genomik yang dimiliki yakni: Musa acuminata (genom A), Musa balbisiana (genom B), Musa schizocarpa (genom S), dan Australimusa (genom T). Musa balbisiana (genom B) dikenal memiliki respon terhadap patogen yang lebih baik jika dibandingkan dengan Musa acuminata (genom A). Salah satu protein yang berperan di dalam proses transduksi sinyal respon tanaman oleh etilen adalah protein ethylene response factor 1 (ERF1). Protein ERF1 merupakan protein yang berada di bagian downstream dalam runtunan transduksi sinyal oleh etilen dan berfungsi sebagai faktor transkripsi dari gen-gen yang berperan dalam berbagai macam respon tanaman dengan salah satunya adalah respon terhadap serangan patogen. Gen ERF1 ini belum banyak dipelajari dalam tanaman pisang. Dengan publikasi genom A (Musa acuminata subspesies Malaccencis) yang teranotasi dan data genomik B (Musa balbisiana ‘Pisang Klutuk Wulung’), maka pada penelitian ini dilakukan identifikasi dan perbandingan gen ERF1 pada genom B dengan model pada genom A yang sudah teranotasi. Gen ERF1 pada genom A didapat dari pangkalan data Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) dan genom B dari hasil program BLASTN dengan pendekatan gen ERF1 pada genom A. Gen ERF1 pada kedua genom dibandingkan struktur sekuens nukleotida dan sekuens protein. Untuk sekuens nukleotida dilakukan perbandingan persentase identitas atau similaritas dengan pairwise sequence alignment dengan algoritma Needleman-Wuncsh, struktur gen (jumlah ekson dan intron) dengan menggunakan program FGENESH+, dan letak gen pada kromosom. Untuk sekuens protein, dilakukan perbandingan kelompok gen ERF berdasarkan pengelompokan Nakano et al (2006) dengan pendekatan pohon filogenetik menggunakan metode Neighboor Joining, dan identifikasi motif dengan menggunakan program MEME Suite. Gen ERF1 pada genom A yang sudah teranotasi didapat dari pangkalan data KEGG dengan jumlah 7 gen dengan gene id pada NCBI: “103971653” (MaERF1_1), “103972093” (MaERF1_2), “103973681” (MaERF1_3), “103981246” (MaERF1_4), “103981564” (MaERF1_5), “103983138” (MaERF1_6), “103985947” (MaERF1_7) dan 7 gen ERF1 pada genom B dengan penamaan MbERF1_1, MbERF1_2, MbERF1_3, MbERF1_4, MbERF1_5, MbERF1_6, MbERF1_7. Perbandingan sekuens nukleotida dan sekuens protein menunjukkan bahwa komposisi nukleotida, struktur gen, posisi gen pada kromosom, pengelompokan ERF, dan motif yang teridentifikasi pada MaERF1 (genom A) dan MbERF1 (genom B) memiliki karakteristik yang mirip.