Perpustakaan Digital ITB

Udang putih atau udang vannamei adalah salah satu hasil budidaya yang banyak diminati dan bernilai ekonomis di Indonesia. Infectious Myonecrosis Virus (IMNV) adalah virus RNA yang dapat menginfeksi udang putih sehingga menyebabkan nekrosis pada jaringan otot. Infeksi IMNV menyebabkan penurunan tingkat produksi karena seringkali berujung kematian pada udang. Udang tidak memiliki sistem kekebalan alami untuk mencegah infeksi. Salah satu upaya untuk mencegah penyebaran infeksi IMNV melalui metode deteksi dini pada udang yang belum terinfeksi maupun yang telah terinfeksi. Reverse Transcription Loop-mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) merupakan metode amplifikasi cepat dan sensitif yang bekerja dalam kondisi isotermal dengan prinsip strand displacement. Penelitian ini bertujuan untuk menguji sensitifitas dan spesifisitas primer yang didesain pada reaksi RT-LAMP terhadap IMNV yang menginfeksi udang putih atau udang vannamei (Litopenaeus vannamei). Reaksi RT-LAMP dilakukan dengan tiga tahapan, yaitu tahap pre-heating pada suhu 95°C selama 5 menit, lalu suhu inkubasi reaksi 63°C selama 45 menit, dan diakhiri tahap terminasi pada suhu 80°C selama 5 menit. Hasil yang diperoleh dalam penelitian ini, yaitu reaksi RT-LAMP dengan primer yang didesain dapat mengamplifikasi template, ditunjukkan dengan terjadi perubahan warna pada larutan hasil RT-LAMP setelah ditambahkan SYBR Green, namun hal serupa juga terjadi pada larutan kontrol tanpa diberi template yang hanya mengandung primer sehingga diduga terjadi false positive akibat primer dimer. Hasil pengujian terhadap berbagai kombinasi primer dalam reaksi RT-LAMP tanpa menggunakan template menunjukkan tidak terjadinya perubahan warna pada reaksi tanpa pasangan primer loop. Dari hasil ini menunjukkan bahwa primer yang didesain dapat digunakan dalam deteksi IMNV pada reaksi RT-LAMP.