Perpustakaan Digital ITB

Stunting merupakan kondisi malnutrisi kronis pada anak yang erat kaitannya dengan ketidakseimbangan mikrobioma usus atau disbiosis. Disbiosis ditandai dengan pertumbuhan berlebih bakteri patogen yang membawa faktor virulensi sehingga mengganggu keseimbangan komunitas mikroba. Diagnosis stunting saat ini masih terbatas pada pengukuran antropometri konvensional yang hanya mampu mendeteksi stunting setelah termanifestasi dan mengganggu pertumbuhan anak.Keterlambatan diagnosis ini berdampak kurang baik karena yang paling efektif untuk mencegah kerusakan pertumbuhan yang bersifat permanen hanya dapat dilakukan dalam periode kritis 1000 HPK. Oleh karena itu, diperlukan pendekatan diagnostik molekuler yang bersifat preventif untuk mengidentifikasi risiko stunting sejak dini sebelum gejala fisik muncul. Pada penelitian sebelumnya telah diidentifikasi gen exoS pada isolat bakteri dari ASI ibu dengan anak dengan prevalensi stunting yang mengindikasikan kemungkinan adanya korelasi antara gen tersebut dan penyakit stunting. Dalam penelitian ini dikembangkan metode diagnostik molekuler berbasis quantitative polymerase chain reaction (qPCR) untuk deteksi awal stunting. Metode ini mendeteksi potensi risiko stunting dengan menguantifikasi gen exoS pada sampel ASI. Sebagai pembanding, digunakan gen 16S rRNA sebagai gen penanda populasi bakteri total untuk normalisasi data hasil kuantifikasi seluruh sampel. Penelitian ini bertujuan untuk: (1) Menentukan persamaan, linearitas, dan efisiensi kurva standar qPCR untuk gen 16S dan gen exoS sebagai rancangan tes diagnostik molekuler berbasis qPCR; (2) Menghitung dan menentukan perbedaan jumlah gen 16S dan gen exoS pada kedua kelompok sampel, serta rasio exoS/16S sebagai indikator proporsi gen virulensi terhadap total bakteri; (3) Menentukan sensitivitas dan spesifisitas sebagai parameter kelayakan rancangan tes diagnostik dalam melakukan deteksi dini risiko stunting. Tahapan penelitian meliputi: pembuatan kurva standar qPCR untuk gen exoS dan gen 16S; kuantifikasi kedua gen pada 15 sampel ASI dari ibu dengan anak dengan prevalensi stunting dan 15 sampel ASI dari ibu dengan anak normal; analisis log-rasio exoS/16s untuk menilai proporsi gen virulensi terhadap total bakteri; dan validasi rancangan tes diagnostik dengan analisis statistik uji signifikansi dan kurva receiver operating characteristics (ROC). Persamaan kurva standar untuk gen 16S adalah y = –3.3067x + 35.389 (R² = 99.4%; efisiensi = 100.64%) dan untuk gen exoS adalah y = –3.4328x + 37.256 (R² = 98.00%; efisiensi = 95.57%). Hasil kuantifikasi menunjukkan bahwa jumlah gen 16S pada ASI Stunting (rata-rata ± SD = log 5.46 ± 0.60 copies DNA/mL) secara signifikan lebih tinggi dibandingkan ASI Normal (rata-rata ± SD = log 4.61 ± 0.19 copies DNA/mL) (p ? 0.0001). Demikian pula hasil kuantifikasi gen exoS pada ASI Stunting (rata-rata ± SD = log 4.15 ± 0.72 copies DNA/mL) secara signifikan lebih tinggi dibandingkan ASI Normal (rata-rata ± SD = log 2.75 ± 0.31 copies DNA/mL) (p ? 0.0001). Selain itu, log-rasio gen exoS/16s pada kelompok Stunting (rata-rata ± SD = -1.32 ± 0.19) yang juga secara signifikan (p ? 0.0001) lebih tinggi dibandingkan kelompok Normal (rata-rata ± SD = -1.87 ± 0.37) yang mengindikasikan dominasi patogen yang lebih tinggi pada ASI dari kelompok Stunting dibandingkan kelompok Normal. Hasil ini menunjukkan bahwa masing-masing metode mampu membedakan sampel Stunting dari sampel Normal. Dari analisis kurva Receiver Operating Characteristics (ROC) didapatkan area under curve (AUC) sebesar 0.92 (CI 95%: 0.826—1.000) dengan sensitivitas 100% dan spesifisitas 80% pada nilai cut-off >-1.659. Hasil ini mengindikasikan bahwa analisis mikrobioma ASI melalui kuantifikasi log-rasio gen exoS/16S merupakan metode yang layak untuk digunakan dan berpotensi untuk dikembangkan sebagai rancangan tes deteksi dini risiko stunting. Disarankan pada penelitian lanjutan digunakan sampel yang lebih banyak dan variatif, pengujian hubungan kausalitas keberadaan gen exoS dengan patogenesis stunting, serta dilakukan penentuan limit of detection (LOD) dan limit of quantification (LOQ) untuk validasi teknis tambahan pada metode qPCR untuk memperkuat potensi penerapan metode ini secara klinis di lapangan.