Perpustakaan Digital ITB

Pari kekeh (Famili Rhinidae) merupakan salah satu kelompok Elasmobranchii yang tinggi status kerentanannya akibat pemanfaatan yang tinggi karena nilai ekonomi serta daur hidup yang sangat konservatif. Upaya konservasi telah dilakukan, termasuk pembatasan perdagangan internasional lewat mekanisme Appendix II CITES dengan anotasi zero annual export quota berdasarkan hasil CoP20 tahun 2025 untuk spesimen hasil tangkapan alam yang diperdagangkan internasional. Terdapat empat spesies dari sebelas (11) spesies yang umum ditemukan di Indonesia, yaitu Rhynchobatus australiae, Rhynchobatus laevis, dan Rhynchobatus springeri, dan Rhina ancylostoma dengan status Critically Endangered menurut IUCN. Salah satu tantangan utama dalam pengelolaannya adalah kesulitan identifikasi spesies karena bagian tubuh yang diperdagangkan umumnya telah kehilangan ciri kunci morfologis untuk identifikasi. Permasalahan ini dapat diatasi salah satunya dengan melalui pendekatan diagnostik molekuler yang mampu mengidentifikasi spesies secara akurat dan sensitif. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan family-specific assay melalui eksplorasi kesesuaian gen NADH dehydrogenase subunit 2 (ND2) dan cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) sebagai marker molekuler untuk family-specific assay berbasis PCR melalui konstruksi pohon filogenetik serta menguji spesifisitas dan sensitivitas primer family-specific dalam mendeteksi famili Rhinidae. Penelitian diawali dengan analisis marker molekuler melalui multiple sequence alignment dengan metode MUSCLE pada MEGA X dan konstruksi pohon filogenetik maximum likelihood dengan IQ-TREE. Selanjutnya, desain primer family-specific dilakukan dengan inspeksi manual serta menggunakan Primer-BLAST, IDT OligoAnalyzer, dan PCR Primer Stats untuk pengujian in silico. Selanjutnya, pengujian spesifitas dan sensitivitas dilakukan dengan meng-ekstraksi DNA, uji spesifisitas primer melalui optimasi PCR yang divalidasi dengan elektroforesis dan sekuensing Sanger, serta uji sensitivitas PCR menggunakan variasi konsentrasi DNA template. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa gen ND2 lebih mampu membedakan famili Rhinidae dari famili lain dalam ordo Rhinopristiformes dibandingkan gen COI, yang ditunjukkan oleh nilai bootstrap clade Rhinidae pada pohon filogenetik gen ND2 yang didukung secara statistik. Desain primer menghasilkan tiga primer forward (WedgeUniF, WedgeUniF2, dan WedgeUniF3) dan satu primer reverse (WedgeUniR). Primer WedgeUniF terbukti spesifik menghasilkan amplikon berukuran 285 bp pada setiap spesies target dan tidak mengamplifikasi spesies nontarget. Sementara itu, primer WedgeUniF2 tidak spesifik karena tetap mengamplifikasi spesies nontarget, sedangkan primer WedgeUniF3 hanya mengamplifikasi Rhynchobatus australiae sehingga berpotensi menjadi primer species-specific. Uji sensitivitas menunjukkan primer WedgeUniF mampu mendeteksi DNA hingga 0,1 ng/?L dan mampu mendeteksi sampel produk olahan. Primer family-specific berpotensi dimanfaatkan untuk mendukung ketelusuran perdagangan serta biomonitoring. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa gen ND2 dapat digunakan sebagai marker molekuler untuk mendesain primer pada family-specific assay berbasis PCR. Penelitian ini berhasil menghasilkan primer WedgeUniF yang spesifik terhadap famili Rhinidae dengan sensitivitas hingga konsentrasi DNA template sebesar 0,1 ng/?L dan mampu mendeteksi DNA dari sampel olahan berupa sirip kering. Penelitian ini akan membantu untuk meningkatkan kemampuan monitoring perdagangan untuk pari yang sangat rentan ini, tidak hanya di Indonesia saja, tetapi juga dapat diaplikasikan di tingkat global.