Perpustakaan Digital ITB

Interaksi antara protein pengikat DNA dengan pasangan basa yang spesifik sangat penting dalam proses biologis. Kami mengajukan model baru yang menggambarkan dinamika interaksi spesifik DNA-protein. Pemodelan bertitik berat pada ikatan Hidrogen (ikatan-H) yang memiliki pengaruh signifikan dalam spesifisitas dari interaksi ini dibandingkan dengan ikatan lainnya. Akan ditinjau dinamika interaksi antara ikatan-H yang menghubungkan pasangan basa dengan ikatan-H yang menghubungkan DNA dengan rantai sisi protein. Ikatan-H dimodelkan oleh potensial Morse ditambah dengan suku interaksi antarikatan pada Hamiltonian dari osilator terkopel antara DNA planar dengan sebuah molekul protein. Pada tulisan ini kami menggunakan metode perturbasi untuk menemukan solusi soliton. Solusi ini berbentuk gelombang nonlinear yang menjalar dengan amplitudonya memenuhi persamaan Schr¨odinger nonlinear, amplitudo ini diinterpretasikan sebagai mediator dari penjalaran informasi dalam DNA yang bersifat nonlokal.