Perpustakaan Digital ITB

Makroalga cokelat genus Sargassum dari perairan Indonesia memiliki nilai ekonomi dan ekologi yang tinggi, akan tetapi identifikasi spesiesnya secara morfologi seringkali mengalami kendala akibat variasi fenotipe yang tinggi, sehingga pendekatan molekuler seperti penggunaan kode batang DNA diperlukan untuk memastikan identitas spesies. Penelitian ini bertujuan untuk membuat kode batang DNA makroalga cokelat Sargassum sp. menggunakan fragmen gen 18S rRNA dan rbcL untuk mengidentifikasi jenis spesiesnya. Sampel makroalga dikoleksi dari Perairan Teluk Awur, Jepara, Jawa Tengah. Sampel yang secara morfologi menyerupai genus Sargassum kemudian dikeringkan, dibersihkan dari pasir dan kerang, didesalinasi, didisinfeksi, dan selanjutnya dikeringkan di udara terbuka. Sampel yang telah kering digerus dalam nitrogen cair hingga menjadi serbuk halus yang siap untuk digunakan dalam proses isolasi DNA melalui metode spin column (QiaGen) dan setiltrimetilamonium bromida (CTAB). DNA makroalga diamplifikasi dengan polymerase chain reaction (PCR) menggunakan primer gen 18S rRNA (V4?V5) dan rbcL, kemudian amplikon yang diperoleh disekuensing dengan metode Sanger. Isolat DNA makroalga yang diperoleh dari metode kolom putar memiliki konsentrasi sebesar 4,80 ng/?L, sedangkan ekstraksi dengan metode CTAB menghasilkan konsentrasi sebesar 26,55 ng/?L dan 51,50 ng/?L. Elektroferogram hasil amplifikasi 18S rRNA (V4?V5) dan rbcL masing-masing menunjukkan pita tunggal berukuran 650 dan 800 pb. Urutan DNA hasil sekuensing dan contig memiliki panjang 504 pb untuk fragmen gen 18S rRNA dan 793 pb untuk rbcL. Penyejajaran urutan fragmen 18S rRNA dengan bantuan program BLAST (NCBI) menunjukkan persen identitas (PID) 100% dengan Sargassum sp. dan ditemukan single nucleotide polymorphism (SNPs) spesifik genus Sargassum pada posisi basa ke- 58, 60, 80, dan 205. Sementara urutan fragmen gen rbcL memiliki persen identitas tertinggi (PID 95%) dengan genus Nitzschia. Pohon filogenetik dari penyejajaran urutan fragmen gen 18S rRNA menunjukkan hubungan kekerabatan tertinggi dengan genus Sargassum, sedangkan fragmen gen rbcL menunjukkan kekerabatan tinggi dengan mikroalga Nitzschia. Dengan demikian, kode batang DNA fragmen gen 18S rRNA dapat digunakan untuk mengidentifikasi sampel makroalga cokelat hingga tingkat genus Sargassum. Sementara untuk fragmen gen rbcL diperlukan evaluasi lebih lanjut.