Perpustakaan Digital ITB

Likopen merupakan pigmen karotenoid dengan potensi aktivitas antioksidan tinggi sehingga produksinya melalui jalur biosintetik mikroba berpotensi dikembangkan sebagai pendekatan alternatif yang lebih efisien dan berkelanjutan. Bakteri halofilik Planococcus plakortidis IMP 5.19 diprediksi memiliki klaster gen biosintetik likopen yang terdiri dari gen crtM, crtI_1, crtI_2, dan crtN. Penelitian sebelumnya telah mengisolasi dan mengkloning gen crtM, crtI_1, dan crtI_2 ke dalam vektor pGEM-T Easy pada Escherichia coli DH5?, tetapi konfirmasi PCR koloni pada tahap tersebut hanya berhasil diperoleh untuk crtM, sedangkan crtI_1 dan crtI_2 belum menghasilkan koloni putih pada seleksi biru-putih. Penelitian ini bertujuan untuk menuntaskan konfirmasi kloning crtM, crtI_1, dan crtI_2 yang belum lengkap pada tahap sebelumnya, serta mengamplifikasi, mengonfirmasi identitas, dan mengkloning crtN sebagai target baru yang belum pernah diisolasi maupun dikarakterisasi secara molekuler pada isolat ini. Metode penelitian ini dimulai dengan protokol PCR stepwise annealing, dilanjutkan purifikasi keempat gen dan sekuensing Sanger terhadap crtN. Identitas crtN dipastikan melalui BLASTN, BLASTX, dan penjajaran lokus hasil prediksi antiSMASH untuk membedakannya dari gen paralog crtI_1 dan crtI_2, yaitu gen yang berasal dari duplikasi dalam satu genom yang sama. Tahap kloning dilakukan pada Escherichia coli DH5? yang diseleksi melalui seleksi biru-putih dan konfirmasi PCR koloni. Hasil penelitian menunjukkan keempat gen berhasil diamplifikasi sesuai ukuran target, yakni crtM (831 bp), crtI_1 (1452 bp), crtI_2 (1506 bp), dan crtN (1473 bp). Sekuensing crtN menunjukkan tingkat identitas 99% terhadap genom P. plakortidis strain DSM 23997, 98% terhadap protein famili phytoene desaturase, serta kesesuaian 818 dari 819 pasang basa terhadap lokus crtN hasil prediksi antiSMASH, tanpa homologi terhadap lokus paralog crtI_1 maupun crtI_2. Tahap transformasi untuk keempat gen berhasil menghasilkan koloni putih yang terkonfirmasi positif melalui PCR koloni sesuai ukuran target. Hasil ini menunjukkan adanya klaster gen biosintetik likopen pada P. plakortidis IMP 5.19 sekaligus melengkapi cakupan gen yang telah terkonfirmasi sebelumnya. Sebagai penelitian lanjutan, disarankan dilakukan verifikasi sekuensing plasmid terhadap keempat gen serta pendekatan analitik lebih lanjut untuk memastikan jenis kerangka karbon karotenoid (C30 atau C40) yang dihasilkan oleh klaster gen ini. Hasil penelitian ini diharapkan dapat mendukung pemanfaatan P. plakortidis IMP 5.19 sebagai kandidat sumber alternatif produksi likopen secara biologis.