Perpustakaan Digital ITB

Virus Corona atau SARS-CoV2 merupakan virus dari famili Coronaviridae yang memiliki kemiripan urutan RNA SARS-CoV sebesar 79,5%. Namun, penyakit ini menyebar lebih cepat dibandingkan SARS-CoV dan menyebabkan banyak kasus kematian. Salah satu metode yang dapat dikembangkan sebagai biosensor SARS-CoV2 dengan akurasi tinggi adalah biosensor berbasis aptamers. Aptamers adalah asam oligonukleat buatan yang secara spesifik dapat berikatan dengan molekul target. Aptamers menunjukkan afinitas yang sebanding terhadap virus target dan stabilitas termal yang lebih baik dibandingkan antibodi monoklonal. Tujuan dari penelitian ini adalah menggunakan Aptamer RNA dan DNA sebagai elemen pengenalan spesifik dalam biosensor resonansi plasmon permukaan (SPR) portable dan uji kolorimetri untuk mendeteksi SARS-CoV2 pada manusia. Dalam Penelitian ini, dua aptamer RNA dirancang (Aptamer RNA-1 dan Aptamer RNA-3) sebagai biorecognition untuk deteksi RNA SARS-CoV2. Aptamer RNA-1 SARS-CoV2 dirancang menggunakan urutan RNA SARS-CoV2 dari GISAID dengan metode in-silico. Ujung ‘ 3 Aptamer RNA-1 dimodifikasi dengan ditiol, sedangkan pada Aptamer RNA-3 modifikasi ditiol dilakukan pada ujung 5’. Pada uji kolorimetri, dirancang tiga Aptamer DNA yang berasal dari urutan DNA penyusun protein nonstruktural (NSP) 7, 10, dan 16, serta satu Aptamer DNA yang berasal dari urutan DNA penyusun protein envelope (E). Ujung – ujung Aptamer DNA tersebut kemudian dimodifikasi dengan menambahkan urutan DNA G-quadruplex. Hasil uji SPR menunjukkan bahwa Aptamer RNA-1 yang direaksikan dengan sampel RNA SARS-CoV2 dari manusia, mampu mengikat target lebih baik dibandingkan Aptamer RNA-3, dimana sampel positif SARS-CoV2 memiliki indeks bias (ru) antara 1 ru – 3 ru untuk berbagai nilai Ct. Namun, indeks bias (ru) sampel negatif hanya sebesar 0,5 ru. Dari hasil perhitungan diperoleh LOD (Limit of Detection) untuk chip biosensor dengan Aptamer RNA-1 sebesar 15 ng/L dan chip biosensor dengan Aptamer RNA-3 sebesar 15,9 ng/L. Pada uji kolorimetri, aptamer DNA direaksikan dengan target berupa urutan DNA komplemen Aptamer. Dari hasil perhitungan diperoleh LOD (Limit of Detection) untuk NSP16 mode 8:4 adalah 0.0069 ng/uL dan NSP7 mode 8:4 adalah 0.109 ng/uL dengan nilai R2 masing – masing yaitu 0.99 dan 0.98.